17 июля утвержден следующий состав органов УВФ АКО Камчатского бассейна: руководство; организационно-строевой отдел; отдел боевой подготовки; эксплуатационно-технический отдел; отдел лова; радиослужба.
23 августа Указом Президиума Верховного Совета СССР «за образцовое выполнение заданий Правительства по снабжению Красной Армии и специальных заданий командования Красной Армии» орденом Красной Звезды награждены старший механик парохода «Эскимос» П. П. Кривошея и медалью «За трудовое отличие» — боцман парохода «Сима» П. М. Иванченко.
26 августа издан приказ НКРП СССР «О порядке несения судовых огней и опознавательных знаков транспортами, плавающими в заграничных водах под флагом СССР». В соответствии с этим, суда должны иметь бортовые и палубные опознавательные знаки, а также круглосуточно нести кормовой государственный флаг при плавании в Японском, Охотском и Беринговом морях.
За год флот перевез 181 196 т, справившись с заданием на 100,7 %. Средняя скорость пароходов составила 160,1 мили в сутки по сравнению с 158,5 прошлого, 1942 г. За 1943 г. суда прошли с грузом в общей сложности 125 531 миль, а средний пробег одной тонны груза составил 1 682 миль. В 1943 г. АКОфлот впервые за все время своей деятельности выполнил, а по отдельным показателям существенно перевыполнил план грузоперевозок. Работа флота впервые за все годы его существования признана хорошей.
1944
9 марта в состав АКОфлота вошел пароход НКМФ «Терек» (3 896 т).
16 марта флот принял пароход НКМФ «Кура» (3 093 т). Его эксплуатация началась 15 июня.
26 мая АКОфлот принял от ДВГМП пароход «Шелонь» (длина 76,75, ширина 14,35, высота 7,38, осадка с грузом 6,42 м, построен в 1918 г., дедвейт 3 530, грузоподъемность 2 230 т, мощность машины 1 200 л. с.).
1 июня на основании постановления Государственного Комитета Обороны начальник АКО распорядился «в целях воспитания и подготовки кадров квалифицированных моряков-рыбаков для системы АКО путем практического обучения непосредственно на судах» ввести на судах АКОфлота и Морлова институт юнг. 1 декабря 1944 г. на 13 пароходах АКОфлота находилось 73 подростка.
9 июля пароход «Шелонь» в первом же рейсе в составе АКОфлота налетел на рифы и был сильно поврежден. Восстановить его не удалось.
16 сентября лесовоз «Коккинаки» привел из Петропавловска в Микояновск сигару с лесом. Это стало первым случаем доставки леса морем с восточного берега Камчатки на западный.
В течение 1944 г. общее количество судов АКОфлота выросло до 14. Их общая полезная грузоподъемность насчитывала 41 449 т. План по грузоперевозкам 1944 г. АКОфлот выполнил на 110,8 % (фактически суда перевезли 181 092,8 т и 7 864 чел.).
Среднемесячная заработная плата моряков (по отчетным данным) составила 917,3 руб., колеблясь от 300 до 1 500 и более рублей в зависимости от должности. Что можно было купить на эти деньги в свободной продаже (основные продукты питания распределялись по карточкам)? По сведениям, сообщенным автору старожилом Петропавловска В. В. Боолем, на городском, то есть на «черном», рынке в 1944 г. сапоги стоили 1 000, литр спирта — 1 000, булка черного хлеба — 100 — 120, пачка американских сигарет «Кэмел» и «Честерфилд», привозимых на судах, ходивших в США, — 100 руб.
Осенью 1944 г. американские военные моряки с фрегатов, стоявших в Петропавловске, продавали одежду, обувь, сигареты и прочие вещи и продукты исключительно в обмен на купюры, имевшие красный цвет и портрет В. И. Ленина. Эти деньги пользовались у них большой популярностью как сувениры из СССР.
1945
Март. АКОфлот пополнился новым судном — буксиром «Кашалот» с деревянным корпусом и машиной мощностью 1 000 л. с. Судно спустили на воду в конце 1944 г. в США, в Портленде.
9 мая завершилась Великая Отечественная война. За ее годы 42 работника флота были награждены орденами и медалями, а по окончании более 350 чел. получили медаль «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941 — 1945 гг.».
9 августа на территории Камчатской области было введено военное положение в связи с объявлением СССР войны Японии.
17 августа из Петропавловска на Курильские острова вышел морской десант, в составе которого находились четыре судна АКОфлота: пароходы «Ительмен», «Чапаев», «Коккинаки» и танкер «Максим Горький». Они использовались для перевозки людей, вооружения, боеприпасов, снаряжения и горючего, будучи мобилизованы «как временный военный транспорт».
18 августа началась высадка десанта на Курильские острова. Четыре судна находились в распоряжении командования Камчатского оборонительного района в общей сложности 69 суток. За это время они перевезли 6 704 т военных грузов и 3 363 чел. Часть флота во избежание боевых потерь рассредоточили в закрытых бухтах и портах.
4 октября в связи с реорганизацией АКО в Камчатский госрыбтрест (КГРТ) АКОфлот переименован в Управление транспортного флота КГРТ (Камчатрыбфлот).
