Как и в других местах, красное командование приняло меры для обороны побережья, что ему облегчалось ресурсами Балтийского флота. В августе была создана Новороссийская морская база, начальником которой был назначен бывший лейтенант выпуска 1910 года А. Кондратьев, и в бухте было поставлено минное заграждение. 27 сентября в районе маяка Дооб и Геленджикской бухты в две линии было выставлено 240 мин образца 1912 года и в октябре, в дополнение к полевой артиллерии, были установлены батареи: № 1 из 130-мм орудий и № 2; кроме того, из Каспийского моря прибыли снятые с находившихся там эскадренных миноносцев торпедные аппараты, для устройства в бухте кинжальной батареи. На озере Аброу была оборудована база гидросамолетов. В Туапсе была восстановлена 6″ батарея. Всеми этими мерами Новороссийск был достаточно укреплен, но собственно морские силы были представлены лишь восемью найденными в порту малыми буксирами и моторными катерами, вооруженными мелкокалиберными пушками и пулеметами, но существование даже этой мелочи вынудило белое командование из предосторожности конвоировать военными кораблями транспорты, когда они должны были идти вдоль берегов. 11 октября по железной дороге прибыли катера японской постройки типа «Пантера», вооруженные одной 47-мм пушкой и двумя пулеметами, переброшенные из Западно-Двинской флотилии, и два трехмоторных быстроходных катера. Но неожиданное подкрепление пришло от Кемаль-паши. Две канонерские лодки, имевшие по два 100-мм орудия, и пароход «Шахин» находились в Трапезунде в руках кемалистов. Опасаясь их захвата англичанами, Кемаль-паша приказал им укрыться в Новороссийске. О переходе канонерок стало известно в Севастополе, и, когда «Алмаз» и «Утка» уходили к Гаграм, их командиры получили приказание в случае встречи с турецкой канонерской лодкой ее задержать. Но встреча не произошла, так как «Адин Рейс» уже 11 сентября пришел в Новороссийск, а «Превеза» 13 октября, то есть когда отряд капитана 2-го ранга Григоркова уже второй день находился в районе Адлера. По приходе в Новороссийск турецкие корабли были переданы в пользование советскому правительству, подняли красные флаги и получили новые названия: «Восставший» («Превеза») и «Ауч Востока» («Адин Рейс»), но в операциях они не приняли участия и потом были возвращены Турции. Но пароход «Шахин» был использован при авантюристической попытке десанта в Крым.
Не сведущий в морских делах реввоенсовет Кубанской армии, игнорируя опасность встречи в море с белыми кораблями и также вероятность их быстрого прихода из Керчи или Феодосии и неминуемого в этих случаях уничтожения отряда до окончания высадки, составил план десанта на Керченский полуостров. Для перевозки десанта силой в тысячу красноармейцев был предназначен тихоходный «Шахин», который должны были сопровождать быстроходный катер (второй сжег мотор) и маленький буксир для высадки красноармейцев на берег. По организационным причинам операция несколько раз откладывалась, и отряд вышел в море лишь в ночь на 10 ноября, в течение которой генерал Врангель отдал приказ об эвакуации Крыма.
Но в море разыгрался шторм, отряд потерял свое место, и залитый волнами буксир затонул, после чего, лишенный возможности высадить на берег людей, «Шахин» вернулся в Новороссийск. Лишь быстроходный катер дошел до Судакской бухты, где он высадил небольшую группу партизан.
Более опасным для белого флота было отданное 11 ноября приказание командующего морскими силами республики бывшим контр-адмиралом Немицем выставить у южного выхода Керченского пролива минное заграждение. Но Новороссийская база не имела подходящих для такой операции судов и не смогла выполнить эту задачу. 16 ноября корабли белого флота, последним в 18 часов 30 минут вооруженный ледокол «Всадник», под флагом начальника 2-го отряда контр-адмирала Беренса, смогли спокойно выйти из Керченского пролива и, эвакуируя армию, уйти в Константинополь.
В апреле 1919 года отряд особого назначения капитана 1-го ранга Собецкого, организованный в Таганроге, высадился и занял города Мариуполь и Бердянск.
В апреле 1919 года десантный отряд старшего лейтенанта Медведева, погруженный на невооруженный пароход «Перикл» и две баржи, вошел и высадился в порту Геническ. Заняв город, отряд попал в западню и был весь уничтожен. Спасся только один гардемарин Конге (впоследствии мичман).
Крейсер «Кагул», принимавший участие в защите Ак-Манайских позиций в мае 1919 года, высадил в тылу у красных десант под командой капитана 2-го ранга Кочетова с целью обследовать Двухъякорную бухту и пристрелочную станцию около Феодосии.
По возвращении десант был обстрелян с гор, окружающих бухту, пулеметным огнем.
Крейсер заставил их замолчать мелкокалиберной артиллерией.
