Юго-западный фронт неотвратимо разваливается. Русские солдаты толпами покидают окопы и спешат домой, к своим женам, к родным очагам. В связи с развалом русского фронта корпус оказался в отчаянной ситуации: легионеры могли вернуться домой лишь после ликвидации Австро-Венгрии, просто заключения мира для этого было недостаточно. Между тем все чаще распространяются ложные слухи, что в прорыве фронта, совпавшем с июльскими демонстрациями в Петрограде, виноваты большевики.
Гашек болезненно переживает катастрофическое отступление русских войск под немецко-австрийским натиском на Украине. Поведение русских солдат ему непонятно, хотя он и чувствует, что в России происходит что-то грозное и гигантское, предвещающее глубокие исторические сдвиги.
Поначалу он тоже прибегает к антибольшевистским аргументам, распространенным в легионерской печати. Это, конечно, не означает, что он полностью согласен с политическим руководством корпуса. Хотя официально Масарик провозгласил невмешательство чехословацкого войска во внутреннюю политическую борьбу в России, на верхах усиливаются попытки использовать его для «урегулирования» внутренних конфликтов в России.
В протоколах заседаний полкового комитета зафиксированы некоторые предостерегающие высказывания Гашека, призывавшего воздержаться от действий, в результате которых могут быть нарушены добрые отношения между чехословацким войском и русскими людьми. По его предложению 29 августа 1917 года полковой комитет принял, например, резолюцию о сохранении нейтралитета в вопросах русской внутренней политики. На заседании 9 сентября Гашек был единственным членом комитета, обратившим внимание на то, что из-за «дешевизны труда солдат, используемых на помещичьих полях, могут возникнуть разногласия с местными трудящимися».
Он, казалось бы, ведет размеренный образ жизни, спокойно работает, используя хорошее знание русского языка, чтобы разобраться в окружающей обстановке. Хозяйкой маленького замка, где разместился штаб первого полка, была какая-то старая дворянка. Хозяйство вели две ее взрослые дочери, единственным мужчиной в семье был их дядя, неприметный слабоумный человек: с ним Гашек подружился, говорят, дядюшка вырезал ему на память чубук. На веранде просторного здания Гашек вел дела канцелярии полка, но времени этому уделял не слишком много, потому что, по словам очевидцев, постоянно «о чем-то размышлял, мощно дымя из короткой трубки».
Авторитет Гашека в чехословацком войске все возрастает. Приказом № 1103 от 7 сентября рядовой Ярослав Гашек назначен присяжным заседателем полкового суда. В начале ноября 1917 года он как делегат Первого полка становится членом бригадного комитета. 15 ноября снова вступает в редакцию киевского «Чехослована».
В Киеве его застает сообщение об Октябрьской революции и о мирных переговорах Советского правительства. Тем временем, используя затяжной характер переговоров в Брест-Литовске, немцы, объединившись с местными сепаратистскими кругами, начинают захватывать Украину. Чехословацкий корпус с этого момента становится островком, затерявшимся в российской буре.
Как вспоминают очевидцы, Гашек в ту пору склонялся к романтическому плану, по которому корпус должен был пробиваться в Австро-Венгрию через Кавказ и Персию. Он разъясняет эту идею в статье «Прошлое и настоящее», напечатанной в «Чехословане» 5 ноября 1917 года. Вместе с несколькими офицерами он разрабатывает устав «террористических чехословацких групп». В случае сепаратного мира им надлежало пробраться в Австро-Венгрию и проводить там индивидуальный террор, разрушать железные дороги, взрывать стратегически важные мосты и туннели, вызывать социальные беспорядки, подогревать антиправительственные, антигосударственные и антидинастические настроения и тем самым готовить почву для всенародного восстания.
Эта акция противоречит намерениям филиала. Легионерское политическое руководство не столько думает о боях с немцами, сколько стремится уберечь корпус от проникновения революционных социалистических элементов. Масарик объявляет корпус составной частью французской армии и заключает с Советским правительством соглашение о постепенной переброске его во Францию. Одновременно в корпусе вводится французский дисциплинарный устав, наступает распад прежних дружеских отношений между солдатами и офицерами. Молодые офицеры ослеплены возможностью блестящей карьеры. После ухода русских командиров «братья» прапорщики и подпоручики буквально в течение ночи становятся «братьями» полковниками и генералами. Воинская дисциплина укрепляется посредством чисток.
Тем не менее избежать оживления деятельности социалистических элементов в чехословацком сопротивлении не удалось. Социал-демократы, главным образом из рядов военнопленных, требуют реорганизации филиала и отстранения от руководства буржуазных политиков, прежде всего — Богдана Павлу. Филиал, в свою очередь, стремится усилить свои позиции в войске, опираясь преимущественно на офицеров и недавно набранных солдат.