Но упрямец не сдавался, не оставлял надежды на справедливость монарха. После беседы с Мошниным он отправился на прием к директору Канцелярии прошений с просьбой ускорить запрос военному министру. В приемной застал немало озабоченных своими бедами людей. К нему подсел артиллерийский капитан и начал, с трудом подбирая слова, путаясь, рассказывать, что намерен сообщить самому царю важную государственную тайну, которую у него всячески выпытывают высокопоставленные чиновники. Когда пригласили в кабинет, Деникин оставил собеседника с облегчением.
Стоя в глубине большой комнаты, у одного конца длинного письменного стола, директор указал ему на стул с противоположной стороны. Присутствующий курьер напряженно следил за движениями вошедшего. Хозяин кабинета стал задавать какие-то странные вопросы. Сообразив в чем дело, Деникин сказал: «Простите, ваше превосходительство, по мне кажется, что здесь происходит недоразумение. На приеме у вас сегодня два артиллериста. Один, по-видимому, ненормальный, а перед вами — нормальный».
Директор с облегчением засмеялся, сел в кресло, прямо напротив усадил Деникина (курьер тем временем исчез). Выслушав подробный рассказ горемыки, он посочувствовал ему и согласился, что закон нарушен, чтобы, как сам же предположил «перетащить в Генеральный штаб каких-либо маменькиных сынков». Деникин, скорее для порядка, пытался отрицать подобное предположение. В итоге директор пообещал в течение двух-трех дней разобраться с этим делом. Тогда же Деникин посетил Главное артиллерийское управление, упреждая угрозу Мошница об увольнении со службы. Генерал Альтфатер успокоил его, заявив, что во всяком случае в рядах артиллерии он останется, и обещал доложить обо всем главному артиллерийскому начальнику Великому князю Михаилу Николаевичу.
Действительно, вскоре дело было передано в Главный штаб, где его внимательно изучили. Деникину стали известны закулисные перипетии. Оказалось, генерал Мальцев, представитель Генштаба, возглавивший следствие по «преступлению» выпускника академии, поддержал решение конференции академии о незаконности манипуляций со списком выпускников и в действиях штабс-капитана не усмотрел состава преступления. Над заключением канцелярии работали юрисконсульты Главного штаба военного министерства. Однако Куропаткин порвал оба варианта его проекта, каждый раз со словами: «И в этой редакции сквозит между строк, будто я не прав».
Между тем «дело» Деникина стремительно разрасталось. Без его решения задерживалось представление государю выпускников всех четырех академий. Проходили педеля за неделей. Исчерпались кредиты по содержанию офицеров (месячное жалованье — 81 рубль). Прекратилась выдача добавочного жалованья и квартирных денег по Петербургу. Многие, особенно семейные, оказались в бедственном положении. Начальники других академий требовали от Сухотина покончить с инцидентом как можно быстрее. И дело сдвинулось с места. Государю был предъявлен на подпись Высочайший приказ о производстве выпускников в следующие чины «за отличные успехи в науках». Неожиданно для себя получил производство в капитаны и Деникин. Товарищи искренне поздравили его. На общем обеде выпускников Академии Генштаба 1899 года опальному капитану выразили публичное сочувствие, а заодно, в очень резких формах, был заявлен протест против режима, установленного в академии новым начальством. Однако на представлении выпускников военному министру Куропаткин, обходя строй, остановился перед Деникиным и прерывающимся голосом произнес: «А с вами, капитан, мне говорить трудно. Скажу только одно: вы сделали такой шаг, который не одобряют все ваши товарищи».
В день представления выпускников академии царю их доставили особым поездом в Царское Село. Академическое начальство поглядывало на Деникина испытующе, беспокойно, а то и откровенно враждебно, опасаясь, вероятно, как бы не вышел скандал во время торжественного приема. Всех построили в порядке последнего, незаконного, списка старшинства в одну линию по анфиладе залов дворца. После беседы Сухотина с Куропаткиным троих офицеров, подавших заявление с просьбой о милости и стоявших в списке ниже Деникина, полковник Мошнин переставил на более почетные места; сам же Деникин оказался среди не причисленных к Генштабу. Группы отделялись одна от другой интервалом в два шага. Теперь все стало ясно. Великий князь Михаил Николаевич подошел к Деникину и сказал, что он, согласно информации генерала Альтфатера, доложил государю его дело во всех подробностях. Во время представления царь обошел шеренгу из нескольких сот офицеров от начала до конца, согласно ритуалу, останавливаясь перед каждым стоящим в строю, задавая ему вопросы и говоря что-либо приветливое. Деникину показалось, что при этом царь был весьма смущен, его добрые глаза выражали тоску, в разговоре возникали томительные паузы, а аксельбант нервно подергивался. За ним следовали Куропаткин, Сухотин, Мошнин. Когда государь подошел к Деникину, последний как полагалось, назвал свой чип и фамилию, после чего завязался короткий диалог:
