Сложным оказалось и возвращение в партию, вне которой Лисин не мыслил своего существования. Его заявление о восстановлении в ВКП(б) было отклонено в ноябре 1947 года парткомиссией при Политуправлении ВМС СССР с формулировкой:
Одновременно Лисин старался быть максимально полезным на тех должностях, куда направляло его командование. До июня 1954 года он преподавал на Высших специальных классах офицерского состава подводного плавания и противолодочной обороны при УОПП имени С. М. Кирова, затем в Первом высшем военно-морском училище подводного плавания, которому впоследствии присвоили имя Ленинского комсомола. Знаменитый Ленком стал глав ной кузницей кадров для нового атомного подводного флота Страны Советов. Как преподаватель Сергей Прокофьевич постоянно совершенствовался, в 1956 году защитил кандидатскую диссертацию, спустя год получил ученое звание доцента. Тем не менее в 1961 году Лисина перевели еще дальше – заместителем начальника по военно-морской подготовке – начальником военно-морской кафедры Ленинградского высшего инженерного морского училища имени адмирала С. О. Макарова, то есть в гражданское мореходное училище. Там он служил до отставки, состоявшейся в сентябре 1970 года.
В одной из служебных характеристик отмечалось:
Все, кто имел счастье быть знакомым с ним в те годы, вспоминают Сергея Прокофьевича как очень активного, жизнерадостного и располагающего к себе преподавателя, который не кичился своей «Звездой» Героя, а готов был часами рассказывать слушателям свой предмет или делиться воспоминаниями о службе на флоте. У него была только одна запретная тема, о которой он никогда не вспоминал сам и о которой его никто никогда не расспрашивал, – плен и все, что с ним было связано.
С выходом в отставку Лисин остался трудиться в том же мореходном училище, читал курс лекций по морской истории. Продолжал вести активную общественную работу. Являясь ответственным секретарем Ленинградской секции Советского комитета ветеранов войны, неоднократно выезжал за рубеж, а в 1984 году посетил Испанию. Регулярно проводил военно-патриотическую и воспитательную работу с молодежью, участвовал в Высшем военно-морском училище подводного плавания имени Ленинского комсомола в торжественных ритуалах посвящения курсантов первого курса в подводники. Умер Сергей Прокофьевич 5 января 1992 года в Санкт-Петербурге и был похоронен на Серафимовском кладбище[96]. Интерес к его персоне вновь возник летом 1998 года, когда шведские аквалангисты-любители случайно обнаружили в Аландском море недалеко от острова Логшер на глубине 40 метров корпус затонувшей подводной лодки, которую историки сразу же безошибочно идентифицировали как С-7. Год спустя туда ходил корабль российского ВМФ, с борта которого состоялась торжественная церемония возложения венков. О Лисине тогда написала не только флотская, но и центральная пресса, но большого резонанса это не вызвало. Почему-то в сознании народа прочно утвердился в качестве подводника номер 1 образ Александра Маринеско, который и по количеству одержанных побед, и по морально-деловым качествам уступал Сергею Прокофьевичу весьма и весьма заметно.
