Правда, все это выяснилось позднее, в конце 1944 года, уже после того, как после мощных ударов советских войск Финляндия запросила мира. Бывших военнопленных отправили на Родину, но не в отпуск к семьям, а в проверочный лагерь НКВД в городе Подольск. Там Лисин находился с 26 октября по 19 декабря 1944 года. Столь непродолжительный срок пребывания объяснялся только одним – следователи быстро убедились в его кристальной честности, безукоризненном поведении и верности присяге. 2 февраля 1945 года вышел приказ, который отменял старый об исключении из списков офицерского состава. Еще раньше Лисин был назначен преподавателем в Учебный отряд подводного плавания Тихоокеанского флота. Победный 1945 год он встречал вместе с женой, которой еще раньше друзья сообщили, что Лисин не погиб, как это было написано в похоронке, а находится в плену. Верная жена не отвернулась от «изменника Родины», а верой и правдой ждала его два долгих года. Через 9 месяцев после встречи, в сентябре 1945-го у них родился первенец – сын Сергей.
Дальнейшая служба Сергея Прокофьевича уже протекала без неожиданных поворотов. В июле 1945 года командующий ТОФ вице-адмирал Юмашев в торжественной обстановке вручил ему «Золотую Звезду» Героя и орден Ленина. В ноябре 1945 года, уже после окончания войны с Японией Лисин был назначен на должность командира дивизиона подводных лодок, что свидетельствовало о высшей степени доверия к нему. Тем не менее внутренняя обстановка в стране после окончания войны складывалась непросто. Надежды на демократизацию общественной жизни не оправдались, наоборот, в первые послевоенные годы громко прозвучали «ленинградское дело», «дело врачей», а на флоте еще и «процесс четырех адмиралов». Подозрительность и поиск скрытых противников режима привели к тому, что в начале 1948 года Лисина убрали подальше с флота на преподавательскую работу. Наиболее осторожные из сослуживцев прекращали знакомство с семьей Лисиных. Уже цитировавшийся нами В. В. Правдюк, бывший сослуживец по дивизиону «эсок» в 1941 году, так вспоминал о случайной встрече с бывшим командиром С-7 в Москве: