В 1584 году Обществом Иисуса была образована особая комиссия, которая в течение года составила программу преподавания – «Ratio atque institutio Studiorum Societatis jesu». В последующем общие конгрегации Ордена вносили в нее небольшие изменения.
Курс учения в иезуитских школах был разделен на две части: средний курс, который проходился в коллегиях (низшие классы), и университетский курс (философия и богословие).
Первыми были три грамматических класса. В первом преподавались основные правила латинского синтаксиса на основе самых легких писем Цицерона. Ученики изучали чтение и письмо, начала греческого письма и катехизиса. Во втором грамматическом классе изучалась вся латинская грамматика на основе работ Цицерона и Овидия. В третьем грамматическом классе изучение латинской и греческой грамматики заканчивалась – на основе трудов Цицерона, Овидия, Катулла, Проперция, Вергилия, Иоанна Златоуста, Эзопа.
Во втором филологическом классе на основе трудов Цицерона, Цезаря, Саллюстия, Тита Ливия, Квинта Курция, Вергилия, Горация, Исократа, Платона, Плутарха изучались иностранные языки и правила риторики, греческий синтаксис, чтение и письмо.
В третьем риторическом классе по Цицерону, Аристотелю, Демосфену, Платону, Фукидиду, Гомеру преподавали красноречие, ораторское искусство, поэзию, историю, законы риторики, христианскую религию.
В первом высшем классе, рассчитанном на три года – философском – изучали философию Аристотеля, логику, физику и метафизику; нравственную философию по «Этике» Аристотеля; курс метафизики по Эвклиду и географию.
Во втором богословском четырехлетнем высшем классе изучали святое Писание, древнееврейский язык, схоластическое богословие, основанное на учении Фомы Аквинского, казуистику, греческий, халдейский, сирийский, арабский, индийский языки. Наиболее талантливые ученики изучали богословие еще два лишних года, и потом по разрешению генерала ордена могли стать учителями или получить степень доктора. На высших курсах все лекции читались на латинском языке.
Педагогический и административный персонал иезуитской высшей школы состоял из провинциала, ректора, префектов низших и высших курсов, профессоров факультетов, или учителей и их помощников, или классных руководителей. Профессора были обязаны обращаться одинаково со всеми учениками – бедными и богатыми. Переход из класса в класс осуществлялся с помощью экзаменов. Ученики были разделены на три категории – схоластики, готовившиеся к вступлению в орден, жили в коллегиях с профессорами и учителями дети богатых и аристократов за умеренную плату жили в пансионах; были и просто приходящие на лекции ученики.
Учеба продолжалась 190 дней в году. В каникулы воспитанники отдыхали на дачах ордена, где занимались фехтованием, верховой ездой, музыкой, плаванием, катанием в санях и на коньках, игрой на биллиарде – любимой игрой Игнатия Лойолы. Игра в карты и кости была строго запрещена. Все коллегии и пансионы находились в красивых местах, в них соблюдалась безукоризненная чистота, еда, как правило, была очень изыскана.
Вся учеба и воспитание в иезуитских учебных заведениях, педагогический устав – «Ratio studiorum» – были проникнуты строгим церковным духом – «наука преподается людям для того, чтобы научить их любви к Творцу и Спасителю». Профессоры были обязаны пробуждать в душах учеников любовь к Богу, служить примером набожности и добродетели, «увещевать их к ежедневному исследованию собственной совести, побуждать их к частому принятию святых Таинств, ходить ежедневно к обедне и слушать проповеди по воскресеньям и праздникам, внушать им отвращение к пороку и любовь к добродетели». Поощрялись торжественные диспуты и театральные представления. Ученикам запрещалось заниматься более двух часов без короткого перерыва, а устав запрещал заниматься науками во время, предназначенное для отдыха и сна. «Работая умеренно, с соблюдением равновесия сил человек будет в состоянии трудиться более долгое время во славу Божию».
С 1832 года, по указанию генерала ордена Ротана, больше внимания в коллегиях и университетах стало уделяться преподаванию физики, математики, литературе и родному языку, истории церкви.
Многие методы, впервые опробованные иезуитами-педагогами, послужили основой, прообразом современной системы образования.
С самого начала своей деятельности управление учебными заведениями ордена иезуитов осуществлялось независимо от государства. В 1600 году было двести коллегий, в 1640 году у иезуитов обучались 150000 учеников, в 1710 году было уже 612 коллегий и 137 пансионов, в каждом из которых обучалось от 200 ДО 3000 учеников. В иезуитских коллегиях получили образование Конде, Буллион, Роган, Люксембург, Монморанси, Виллар, Брольи, Флешье, Боссюэ, Флери, Тансен, Ламуаньон, Сегье, Аржансон, Талон, Потье, Монтескье, Моле, Гено, Декарт, Корнель, Фонтенель, Мольер, Вольтер.
Когда в 1846 году первый французский министр Тьер захотел изменить педагогическую программу, 600 французов, известных в своей стране, выступили в защиту своих учителей:
