ЦК КП(б)У и правительство Украины постоянно держали в поле зрения вопросы военного строительства, создания революционных войск с железной дисциплиной, высокой сознательностью бойцов и командиров. III Всеукраинский съезд Советов, проходивший в Харькове с 6 по 10 марта 1919 г., рассмотрел военный вопрос и отметил значительные успехи в деле строительства Красной Армии. Он решительно отверг предложение левых эсеров, которые в вопросах военного строительства были близки к махновцам, об отказе от принципа назначения командиров в Красной Армии и о введении выборного начала, счел неприемлемым предложение упразднить институт военных политических комиссаров. Осуществлять оздоровление армии было делом чрезвычайно сложным. Практически все партизанские отряды Украины, родившиеся в ходе борьбы с кайзеровскими оккупантами и буржуазно-националистической контрреволюцией и составляющие основу Украинского фронта, были поражены анархией и мелкобуржуазной стихией. Главной причиной этого было все еще слабое влияние на них большевистской идеологии, недостаточно активная работа в войсках политкомиссаров.
Уже в начале 1919 г. назрела необходимость переформировать их в регулярные боеспособные части Красной Армии, подчинить их твердой единой пролетарской воле, поставить во главу угла партийно-политическую работу, ибо, как показывает опыт двух лет гражданской войны, стам, где тверже всего дисциплина, где наиболее заботливо проводится политработа в войсках и работа комиссаров… там нет расхлябанности в армии, там лучший строй и ее дух, там больше побед».
Наличие махновщины в рядах Красной Армии было аномальным явлением. На деле получалось так, что на одном фронте с врагом сражались, к примеру, бок о бок два воинских соединения. В одном командование требовало от личного состава строгой воинской дисциплины, призывало мужественно, не щадя жизни, сражаться во имя великих идей революции, а рядом, в махновской бригаде, отсутствовал военный уставной порядок, каждый был волен поступать по своему усмотрению и желанию, к тому же среди бойцов культивировались мародерские настроения, внушалось неуважение и ненависть к законной власти, к революционному порядку, подчинению личных интересов коллективным.
Нестойкие и несознательные элементы, естественно, потянулись туда, где не было дисциплины, где бытовал примитивный принцип: все, что возьмешь, – твое.
В конце 1918 – начале 1919 гг., довольно успешно сражаясь с белыми и петлюровцами, Махно и его войско завоевали много лестных слов со стороны Советской власти и вызывали серьезное раздражение и беспокойство у белого командования.
В сведениях, собранных белогвардейцами о батьке, говорилось следующее: «Будучи человеком очень хитрым, с целью чем-либо покрыть свою кровавую и грабительскую деятельность, Махно иногда выдает себя за человека, пострадавшего за политические убеждения. Однако несомненно, что Махно не имеет ничего общего ни с партией социалистов-революционеров, ни с партией анархистов. Махновщина – это усугубленная пугачевщина, являющаяся следствием того звериного определения понятия свободы, которое, по показаниям свидетелей, сделал один из махновцев: «Свобода – это значит, что каждый может делать все, что хочет».
В начале года на одном из военных заседаний Деникин в сердцах воскликнул: «Вот где у меня сидит этот Махно», – и ударил себя рукой по затылку. Тогда же белый генерал объявил большой выкуп за голову Махно. Батьке это польстило, но личную свою охрану он удвоил до 200 человек, включив в нее большое количество ручных пулеметчиков. Это стало сразу же известно деникинской контрразведке, которая констатировала, что Махно надежно охраняют отборные головорезы, одетые во все красное и носящие длинные черные волосы. Желающих получить большой куш за голову Махно так и не нашлось.
Находясь в составе 3-й Заднепровской бригады, Махно достиг довольно крупных успехов в борьбе с белогвардейцами. 15 марта махновцы заняли Бердянск, а через два дня узловую станцию Волноваху.
В конце марта главком И. И. Вацетис дал директиву командованию Украинского фронта начать решительное наступление на Мариуполь и далее на Таганрог силами 3-й бригады и других частей 1-й Заднепровской дивизии. 26 марта при помощи повстанцев части бригады окружили Мариуполь и после жестокого боя на следующий день завладели городом. После этого они продвинулись на несколько десятков километров по направлению к Таганрогу и вынуждены были остановиться. Чтобы преодолеть сопротивление белых, главком 16 апреля отдал приказ командующему Украинским фронтом оказать энергичную поддержку бригаде Махно.
Однако этот приказ не был выполнен. П. Е. Дыбенко увлекся наступлением на Крым, оставив на таком важном участке наступления, как Таганрог – Ростов, одну махновскую бригаду. С 15 апреля 1919 г. она действовала в составе 2-й армии, будучи ее ударной силой. 4 мая 2-я армия была переведена в состав Южного фронта. Все эта чехарда была на руку Махно, поскольку давала ему возможность, никому практически не подчиняясь, проводить свою независимую политику.