Чтобы показать свою независимость от командования Красной Армии, Махно в своем кругу резко выступал против большевиков, используя революционную терминологию. В первые годы после победы Октября в условиях ожесточенной гражданской войны и иностранной военной интервенции молодое Советское государство строилось на основе строгой централизации власти. А ограничение демократии было не только естественным, но и необходимым мероприятием. Вот сюда и направил свой главный удар Махно, демагогически обвинив в «диктаторстве» большевистскую партию. Пытаясь выдать свою политику за волеизъявление народа, Махно использовал для этой цели районные съезды крестьян и повстанцев. Если первый съезд выразил свое отрицательное отношение к петлюровщине и деникинщине, то второй, который состоялся спустя 3 недели, негативно высказался в адрес Советской власти. Открылся он в Гуляйполе 12 февраля 1919 г. в 3 часа дня пением «Марсельезы». В нем приняли участие 245 делегатов от 35 волостей. Их приветствовал от лица повстанцев лично Махно, который, ссылаясь на большую занятость, отказался быть председателем съезда. На этом так называемом форуме повстанчества были впервые провозглашены антисоветские лозунги, прозвучал призыв бороться против коммунистов. Чтобы разжечь страсти вокруг Советской власти, его организаторы начали съезд с доклада одного из членов махновской делегации Лаврова, ездившего в начале года в Харьков, чтобы встретиться с членами Временного рабоче-крестьянского правительства УССР. Комиссары, по словам докладчика, отказались встретиться с махновцами и направили их к одному из членов аппарата, который познакомил махновцев с составом назначенного «сверху» правительства, в котором нет крестьян и рабочих, хотя есть «записавшиеся в большевики» бывшие генералы и чиновники. По всей видимости, махновцы побывали в Харькове в период так называемого «председательского» кризиса в правительстве Советской Украины, который разразился в январе 1919 г. Большая часть правительства выступала против пребывания на посту председателя Г. Л. Пятакова. Не было единого мнения и во время обсуждения новой кандидатуры – Артема. Поэтому ЦК КП(б)У обратился к В. И. Ленину с просьбой направить на Украину X. Г. Раковского, работавшего здесь в 1918 г. и хорошо знавшего положение дел в республике. Тогда же возникли проблемы и с командующим Украинским фронтом. Часть членов правительства выступила за смещение В. А. Антонова-Овсеенко и назначение на этот пост М. Л. Рухимовича. После назначения 24 января 1919 г. X. Г. Раковского главой правительства Советской Украины ситуация нормализовалась, но Махно не упустил возможности воспользоваться этим фактом для развертывания антисоветской кампании под флагом борьбы с «назначенством». Махновцы на своем съезде заявили, что не признают никаких правительств, кроме того, которое изберут крестьяне всеобщим голосованием из своих представителей. Они убеждали крестьян не поддерживать ни одну из существующих партий. Страсти накалились сразу, а особенно подогрел их сам Махно, выступив 14 февраля с докладом по текущему моменту. Он призвал повстанцев бороться против монополизации советов коммунистами, вообще против «партийного ига большевиков над исстрадавшимся трудовым народом», против гонений Советской властью анархистов и т. п. Закончил свое выступление Махно словами: «Если товарищи большевики идут из Великороссии на Украину помочь нам в тяжелой борьбе с контрреволюцией, мы должны сказать им: «Добро пожаловать, дорогие друзья!» Но если они идут сюда с целью монополизировать Украину – мы скажем им: «Руки прочь!» Мы сами умеем поднять на высоту освобождение трудового крестьянства, сами сумеем устроить себе новую жизнь – где не будет панов, рабов, угнетенных и угнетателей».
На II Гуляйпольском съезде значительно укрепились позиции Махно, особенно после выступления председателя съезда Б. В. Веретельникова, который существенно преувеличил его революционные заслуги, а также после заявления делегатов-крестьян в поддержку батьки. Махно был назначен председателем созданного военно-революционного совета района. На первом заседании Совета, состоявшемся 7 марта 1919 г., была принята резолюция, в которой говорилось: «Приветствуем революционную армию в лице товарища Махно, которая первая восстала против наших угнетателей, в защиту трудящихся масс на Украине».
Организационное начало махновской армии было положено после екатеринославской неудачи в конце 1918 г. В первых числах января 1919 г. на станции Пологи в здании вокзала состоялся первый съезд фронтовиков, на который съехалось свыше 40 делегатов. Особое внимание на нем было уделено вопросу централизации военного руководства, ликвидации острой нужды в оружии и боеприпасах. Был избран оперативный штаб, который являлся высшим военным органом как на фронте, так и в тылу. Все отряды сливались в полки, которым придавались тыловые базы.