В ходе операции по ликвидации бандгрупп с 5 февраля по 3 мая 1944 года войска НКВД имели 225 боевых столкновений, в результате которых убито — 9420, ранено — 210, захвачено живыми — 9480 бандитов. Кроме того, органами НКВД арестовано 2357 оуновцев, 1224 бандита явились с повинной. Всего за время проведения операции по ликвидации оуновских банд с февраля 1944 по 1 сентября 1945 года убито — 96 100 и захвачено живыми 101 924 бандита. С повинной явилось 88400 бандитов и уклонявшихся от службы в Красной армии. Всего же за июнь-сентябрь 1944 года НКВД задержало 87 929 дезертиров и 82 834 уклонявшихся от службы в Красной армии.
За указанный период у бандитов изъято: самолётов «У-2» — 1, пушек — 42, бронемашин — 1, бронетранспортёров — 1, миномётов — 461, гранатомётов — 13, огнемётов — 20, ПТР — 285, пулемётов — 461, автоматов — 10 206, винтовок — 38 953, револьверов и пистолетов — 5504, снарядов и мин — 52981, гранат — 67 319, патронов — 7 085837, радиостанций — 174, радиоприёмников — 243, типографий — 25. Захвачено и уничтожено 1165 складов с вооружением, боеприпасами, обмундированием и продовольствием. Потери войск НКВД составили: убиты — 2235, ранены — 2621, пропали без вести — 330 человек[63].
Директива НКВД-НКГБ № 494/94-43 г. обязывала территориальные органы проводить тщательную проверку гласными и негласными методами в отношении следующих категорий граждан при решении вопроса об аресте: рядовых полицейских, сельских старост, рядовых участников «народной стражи», народной милиции, Русской освободительной армии, национальных легионов и др. Если не имелось прямых данных об участии в карательных экспедициях, проявлении активности, то такие направлялись на фильтрацию в специальный лагерь. С 1 февраля по 1 марта 1944 года в спецлагерь НКВД было направлено 948 человек, из них 392 полицейских, 88 старост и 468 рядовых[64].
В 1944 году НКГБ СССР выявило антисоветскую сектантскую организацию истинно-православных христиан (ИПХ), состоявшую в основном из бывших кулаков и ранее судимых за антисоветскую деятельность. Группы этой организации существовали в нескольких районах Рязанской, Воронежской и Орловской областей.
Сектанты вели паразитический образ жизни, не вступали в колхозы, не признавали законов, не платили налогов, отказывались от выполнения обязательств и от службы, запрещали детям посещать школы. Эти организации оказывали разлагающее влияние на колхозы.
Л.П. Берия обратился 7 июля 1944 года к И.В. Сталину за согласием на переселение участников организации вместе с членами их семей в Омскую, Новосибирскую области, Алтайский и Красноярский края.
В августе 1944 года в Алтайский, Красноярский края, Томскую, Тюменскую области были переселены 433 семьи в количестве 1448 человек[65].
После освобождения Украины от немецких захватчиков на имя председателя Совета Народных Комиссаров Украинской ССР тов. Хрущёва Н.С. поступила докладная записка от 14 июля 1944 года за подписью заместителя наркома внутренних дел СССР, в которой говорилось о том, что немецкие оккупационные власти в проведении своей колонизаторской политики на Украине опирались не только на вооружённую силу и оккупационный аппарат вместе с немцами, прибывшими из Германии, но и на так называемых фольксдойче. Фольксдойче, являясь надёжными пособниками гитлеровцев в проведении колонизаторской политики, проявляли себя как злейшие враги Советского Союза. Они широко использовались в работе разведывательных и карательных органов по уничтожению советских патриотов.
«В соответствии с указанием народного комиссара внутренних дел Союза ССР товарища Берии Л.П., все лица, зарегистрировавшиеся как фольксдойче, нами арестовываются, а следствие по их делам ведётся с упором на выявление и разоблачение среди них агентуры гестапо, полиции, жандармерии и предателей. По состоянию на 15 июля всего арестовано 1689 человек. Выявлено агентуры и предателей — 114 человек»[66]. В ходе операции «Ф» по состоянию на 1 июля 1945 г. всего было арестовано 4413 человек. В отношении 4013 человек следствие было закончено и материалы направлены в Особое совещание, в военные трибуналы на 44 человека, этапировано в Черногорский спецлагерь — 2136 человек[67].
В целях достижения большей эффективности в борьбе с повстанчеством на территории Украинской ССР директивой НКВД СССР № 122 от 31 марта 1944 года «О ссылке в отдалённые районы Союза семей осуждённых оуновцев и активных повстанцев» предлагалось их имущество конфисковать в соответствии с приказом НКВД СССР № 001552 от 10 декабря 1940 года. Это осуществлялось в отношении всех членов семьи как осуждённых, арестованных и убитых, так и семьи актива и руководящего состава ОУН УПА (организации украинских националистов и украинской повстанческой армии), находившихся на нелегальном положении: коменданты, помощники комендантов и сотрудники службы безопасности (СБ), районные и надрайонные руководители ОУН, сотенные станичные, коменданты ОУН, куренные, господарчие, шефы и референты связи, активные участники.