Мусульманские власти пытались предотвратить насилие. Как только Иоанн выступил со своей неумной просьбой, на его защиту было направлено войско. После, когда беспорядки улеглись, правитель принес императору извинения за разрушение церквей и предложил восстановить их за свой счет. Император резко отказался: он сам восстановит Святой город – своим мечом. Образовался порочный круг: победы Византии провоцировали вспышки насилия против христиан, а эти вспышки, в свою очередь, подогревали воинственность византийцев (Gil 1992, p. 326). Для мусульман было вполне естественным занять оборонительную позицию: им не верилось, что в случае победы христиане способны обойтись с ними так же великодушно, как когда-то обошелся с жителями города халиф Омар. В это время в Иерусалиме появилось первое мусульманское культовое сооружение за пределами Харама. На Западном холме, прямо возле церкви Анастасис, поднялась мечеть, посвященная Омару. Так исламское строительство вторглось на территорию христианского Иерусалима. Мечеть, стоявшая вызывающе близко от христианской святыни, напоминала христианам об истинных хозяевах города. Мусульман же она, наверное, могла устыдить – ведь недавние бесчинства в христианской святыне ничем не походили на благородное поведение там великого халифа.
После Ихшидов власть в Палестине захватила сначала шиитская секта карматов, а затем – тунисская шиитская династия Фатимидов, которые основали свой халифат со столицей в Кайруане. Фатимиды взяли Рамлу в мае 970 г., и следующие 13 лет на палестинской земле бушевали опустошительные войны, в которых сражались за контроль над регионом войска Фатимидов, карматы, бедуины и аббасидские армии. В конце концов верх одержали Фатимиды, успевшие к тому времени перенести столицу из Кайруана в Каир. В стране установился шаткий мир. Арабские племена часто восставали, но евреи безоговорочно поддерживали Фатимидов, и халиф заключил перемирие с Византией. Начались восстановительные работы в ротонде Анастасис и Мартириуме, стоявшем без крыши с 866 г. Перемирие укрепило позиции христиан, и напряженность в Иерусалиме уменьшилась.
Однако подспудный конфликт продолжал тлеть. Так, географ аль-Мукаддаси сетовал в 985 г. на засилье