В Панаме план новой экспедиции, которую предлагал Альмагро, не вызвал большого энтузиазма. У губернатора Педрариаса Давила были свои планы. Он готовил поход на север, в Никарагуа, и был заинтересован в том, чтобы поселенцы присоединились к его экспедиции. К тому же особого успеха первое плавание Писарро, казалось, не принесло… Зато священник патер Луке был настроен более оптимистично. Он вложил в дело последние свои сбережения и употребил все красноречие церковника, чтобы смягчить Давилу и добиться его согласия на новую экспедицию. 10 марта 1526 года в панамском соборе (и на что только не пригодны церкви!) был подписан новый договор; согласно ему вся слава, вся прибыль, которые будут приобретены в завоеванных землях, должны опять быть поделены на три части.
Вторая экспедиция насчитывала 180 человек, и в ее распоряжении было снова два корабля. Писарро привлек к участию в ней видного мореплавателя, кормчего из Андалузии Бартоломе Руиса. На этот раз плавание началось гораздо благополучнее. Оба корабля уже знакомым путем добрались до устья реки Сан-Хуан - до самой южной точки, которой достигла первая экспедиция (точнее, корабль Альмагро). Здесь конкистадоры высадились и сразу же напали на индейскую деревню, расположенную близ устья реки. Добыча оказалась богатой. В деревне испанцы нашли множество золотых украшений. Теперь Писарро и Альмагро были уже уверены в том, что приближаются к границам «золотой страны». Но они хорошо понимали, что 180 усталых солдат - недостаточная сила для осуществления их великолепных замыслов. И снова было решено, что Альмагро на одном из кораблей вернется с золотом в Панаму и навербует новых солдат, а тем временем Писарро с несколькими помощниками высадится на берег и обследует устье реки Сан-Хуан. Кормчий же Руис на втором корабле поплывет с остальными членами команды дальше на юг… Самым интересным было плавание Руиса. Первую остановку он сделал у небольшого острова Гальо (примерно на 2° северной широты), а затем, выйдя в море, увидел нечто удивительное. Это была так называемая бальса - большой перуанский плот из нескольких стволов бальсового дерева, с маленьким навесом и четырехугольным парусом. Надо сказать, что до этих пор испанцам еще ни разу не приходилось видеть, чтобы индейцы пользовались парусами. На плоту находилось не менее 20 мужчин и женщин, одетых в шерстяные и бумажные ткани, с украшениями из золота, серебра и драгоценных камней. Здесь же был сложен большой груз, предназначенный для продажи или обмена. Индейские купцы без всякого страха поднялись на борт испанского корабля и рассказали Руису о замечательной стране на юге, о ее плодородных полях, больших городах и о дворце ее властителя, который якобы весь выложен золотом. Двое из этих купцов были родом из большого торгового центра Тумбеса. Руис уговорил нескольких индейцев остаться на его корабле, чтобы подтвердить свой рассказ самому Писарро. Спустя несколько дней корабль достиг пункта, лежащего уже южнее экватора, который мореплаватели обозначили как Кабо Пасадо. Так Бартоломе Руис стал первым европейцем, пересекшим экватор в Тихом океане. Из своего успешного разведывательного плавания, продолжавшегося десять недель, Руис вернулся к устью реки Сан-Хуан. И вернулся как раз вовремя.
Горстке людей Писарро в прибрежных джунглях жилось прескверно. Досаждали москиты, не давали покоя враждебно настроенные индейцы, и более всего мучил голод. Оптимистическое сообщение Руиса несколько, подняло настроение. У экспедиции появилась теперь конкретная цель - Тумбес. Но прежде чем конкистадоры доплыли до сказочного города, им пришлось пережить немало черных дней. При неблагоприятной погоде они бросили якорь у острова Гальо. Отсюда Альмагро отправился в Панаму вербовать пополнение - теперь уже для захвата конкретной страны. Прочие под командой Писарро остались на острове.