Падение первого крупнейшего мусульманского султаната на Яве — Демак во второй половине XVI века в определенной степени способствовало возрождению индуистско-буддийской религии. Это, в свою очередь, содействовало возникновению сильного государства на Центральной Яве, последнего независимого образования на территории Индонезии. В результате в глубинных районах Явы, особенно в центральной ее части, влияние ислама оказалось гораздо слабее, и элементы индуизма и буддизма нередко являются определяющими до сих пор. Ислам там не более чем оболочка, прикрывающая старые верования. По-прежнему процветает культ предков, анимистические верования, адатное право, вера в духов, что противоречит исламу, который признает лишь единого всемогущего бога. На Центральной Яве доводилось встречать молитвенные здания, о которых сразу не скажешь, какой религии они принадлежат. Это мечети, напоминающие индуистские храмы. На могилах мусульман нередко можно видеть индуистские атрибуты. Короче говоря, там сложилась синкретическая религия. Около 10 миллионов жителей Центральной Явы, как принято говорить, исповедуют «кебатинан» — нечто среднее между исламом, индуистским многобожием и анимизмом.
В Индонезии отсутствуют клерикальная иерархия и институт мулл. Любой сведущий в религии человек может выступать в роли имама. Мечети, за исключением Великой мечети XV века в Демаке, недалеко от Семаранга, и мечети Истикляль в Джакарте, не так внушительны, как в других странах, где исповедуют ислам. В отличие от большинства мусульманских стран в Индонезии женщины пользуются довольно широкими правами. Они никогда, как правило, не носили паранджу. Рождение девочки не считалось бедствием, в то же время рождение мальчика не отмечалось так шумно, как в других мусульманских странах. Пышно в Индонезии отмечается обряд обрезания. На острове Ломбок мусульмане молятся не пять раз в день, как предписывается исламом, а только три. Система исламской юрисдикции в Индонезии ограничена разрешением семейно-брачных вопросов, разбором (частичным) тяжб о наследстве, вопросами пожертвований на религиозные и благотворительные цели. Одним из проявлений неортодоксальности ислама в Индонезии является необычайная популярность представления плоских кожаных кукол ваянг пурво на индуистские сюжеты. В ортодоксальном же исламе, как известно, изображение человека на сцене запрещено. Единственная небольшая уступка исламу в ваянге — стилизация и гротескность в изображении персонажей.
В своей массе индонезийцы, исповедующие ислам верят в существование духов. Каждое необычное труднообъяснимое явление в жизни человека связывается с духами, которые, по мнению яванцев, сопровождают их на протяжении всей жизни. Духи обитают повсюду. Они вселяются в людей, делая их своими жертвами. При этом злые духи вселяются в тех людей, которые не усвоили все атрибуты яванского образа жизни, как говорят, «не усвоили адат». Вселение духов — высшая форма наказания, а более легкое наказание — болезни как предупреждение людям о грозящей им опасности. Одна из главных обязанностей дукунов — изгонять злых духов. Раз в году злых духов изгоняют всей деревней, в так называемый день «очищения деревни». Изгнание злых духов проходит под руководством муэдзина, официального лица, ведающего религиозными делами и имеющего семинарское образование. Муэдзин руководит церемонией очищения, находясь в священном обиталище даньянга, т. е. мифического существа, которое первым занималось очищением лесов, рисовых полей, сельских построек и т. п. Считается, что даньянг был первым сельским старостой на Яве. Поэтому яванцы верят, что все сельские старосты наделены сверхъестественной силой. Каждый кандидат в сельские старосты перед избранием на этот пост делает жертвоприношения даньянгу. Олицетворение даньянга — гигантское дерево берингин, под сенью которого яванские крестьяне приносят жертвоприношения даньянгу, прося его даровать здоровье, счастье и дружелюбие в сельской общине.
