Приказал Иоанн наместнику своему Стриге-Оболенскому изъять в управе или где найдутся все грамоты договорные с Казимиром и представить их ему лично. Побоялись посадники новгородские ослушаться приказа нового грозного властителя и отдали все бумаги, которые от них требовались. Изучил их Иоанн, вызвал к себе владыку Феофила: нашёл в договорах и письмах к Казимиру подписи его наместника Юрия Репехова. Хитёр оказался Феофил, распоряжения свои сам не подписывал, приказывал всё оформлять наместнику своему. Теперь на него всё и свалил, мол, не знал о заговорах и переговорах, без его ведома всё делалось, лишь его именем прикрывались. Словом, сдал Репехова Иоанну с потрохами и словом за него не вступился. А сам после встречи тут же помчался к наместнику, обгоняя государевых приставов, первым сообщил Репехову о свалившемся несчастье, обещал ему, что вызволит непременно, казны своей не пожалеет, если промолчит Юрий, возьмёт всю вину на себя.
— Ну, оговоришь ты меня, — шептал ему Феофил, зная, что вот-вот уже явятся слуги Иоанновы, — заберёт супостат нас обоих, и казну архиепископскую новгородскую на себя отпишет, кто тогда за нас хлопотать будет? Я за себя-то не боюсь, далее монастырской кельи не ушлют, в худшем случае железа наложат, поделом мне, грехи стану замаливать. Я своё пожил. Мне за город наш, за людей обидно. Тебе всё одно терпеть, сдашь меня, не сдашь — одинаково пострадаешь. Если же я останусь — тебе помогу и другим нашим сторонникам. Живота не пожалею, гляди, сын мой!
Юрий лишь молча опустил голову. А когда взяли, — и в самом деле смолчал, о Феофиле не обмолвился, взял вину на себя, и допрос, и пытку вынес. Иоанн сделал вид, что поверил, приказал оставить его в покое, в железах.
В списке заговорщиков государь вновь встретил имена старых своих недоброжелателей — Григория Арбузьева, Окинфа с сыном Романом, Ивана Кузьмина Савелкова. Приказал арестовать всех прежде и ныне уличённых в противодействии ему, в переговорах с Казимиром. 7 февраля всех их заковали и отправили в Москву. Вместе с Марфой-посадницей и её последней надеждой, внучком Василием Фёдоровым.
На сей раз и упрашивать за них архиепископ побоялся. Утешал свою совесть тем, что надо момента подходящего подождать. Пока же сам то и дело вздрагивал да на дверь оглядывался, слыша подозрительный шум или чужие шаги, мало ли что может случится, вдруг Репехов не стерпит, проговорится! Тут уж не других спасать — своя бы шкура уцелела! Кто ж с властью запросто расстаётся? Разве юродивый какой. Давно Феофил понял, что власть над людьми — самое высшее из всех наслаждений, тем паче в зрелые годы, когда иные утехи становятся недоступными...
Иоанн же продолжал управлять дела Новгородские, назначать наместников на новые свои земли, подсчитывать настоящие и будущие доходы, наказывать виноватых.
Сколько проклятий сыпалось в эти дни на его голову — не счесть. Впрочем, он этого не слышал и не думал о них. Не до того было. Кроме новгородских дел свалилось на него и личное: ссора с братьями. Разозлились они на него не на шутку. Глядели, какие дары ему преподносили, прикидывали, сколько он земель новых к своим владениям прибавил, какое богатство в его руки приплыло. Намекнули, что неплохо бы поделиться с родными братьями, вместе ведь в поход ходили, затраты понесли. А вручённые им новгородцами подарки даже расходов не покроют! Андрей Большой, матушкин любимчик, прозванный за свою вспыльчивость Горяем, напрямик спросил:
— Неужто ты нам никакого жребия не дашь из своей доли? Мы ведь тоже с тобой тут стояли, все невзгоды вместе терпели. Не по обычаю это!
Иоанн лишь стрельнул на брата своим холодным взглядом:
— Недосуг мне этим теперь заниматься!
— После смерти брата Юрия ты то же самое говорил, — поддержал Андрея Борис. — А потом нам из его уделов так ничего и не выделил. И теперь дело тем же закончится!
Братья явно ожидали твёрдых обещаний от Иоанна поделиться с ними взятыми новгородскими уделами. Но тот и не собирался ни с кем делиться. Оттого и молчал, не желая в неподходящее время выяснять отношения.
Поняв это, Андрей Большой с Борисом заявили, что не желают больше стоять у Новгорода и нести убытки, поднялись со своими людьми и отправились к себе в уделы, разоряя по пути города и села якобы для прокорма войск.
Иоанн же терпеливо продолжал утверждать свою власть и свой порядок в Новгороде. Назначил ещё двух наместников, на этот раз на владычной, Софийской стороне — бояр Василия Китая и Ивана Зиновьева, которым дал права все дела судебные и земские править. Владыке, которого всё-таки подозревал в измене, оставил лишь святительский суд, а местных посадников и тысяцких вообще всех прав лишил.