В октябре 2007 года в шумихе по поводу смещения главного следователя совсем незаметным прошло освещение другого дела – серьезного обвинения против его заместителя. Его близкий друг, главный инспектор Таварес де Алмейда, в тот же день был обвинен в применении пыток во время допроса другого заключенного, железнодорожника по имени Вирголино Борхесу, который был обвинен, а затем оправдан в причастности к серии жестоких ограблений. Во время допроса Алмейды и двух других офицеров, как утверждал Борхес, он был «с застегнутыми наручниками за спиной, его скрутили таким образом, что он не мог прикрыть корпус, а затем несколько раз ударили кулаком в живот. Затем они сняли с него обувь и, используя небольшой столбик, стали бить его по ногам, пока столб не раскололся».
Как сообщается, Алмейда признался, что принимал участие в допросе, но сказал, что не может вспомнить, что произошло и кто отвечал за это. Хотя это дело затянулось на годы, он и один из офицеров в конечном итоге будут признаны виновными в пытках, – как сообщается, первые инспекторы Судебной службы, когда-либо осужденные по такому обвинению, – будут приговорены к двум с половиной годам условно и штрафу. После предъявления официального обвинения Алмейда ушел в отпуск без сохранения заработной платы. С октября 2007 года ни он, ни Гонсало Амарал не принимали участия в расследовании дела Мэдлин.
Однако расследование дела Мэдлин португальской полицией продлится еще несколько месяцев. Теперь общее руководство возложено на Пауло Ребело, высокопоставленного чиновника, который до этого был заместителем директора СП на национальном уровне. На пресс-конференции в день своего назначения, когда его спросили о сообщениях средств массовой информации о том, что Макканны могут быть причастны к исчезновению их дочери, Ребело сказал, что такие разговоры были «просто домыслами». Однако он также сказал, что «все линии расследования остаются открытыми и будут оставаться открытыми до конца расследования».
В то время и в ближайшие месяцы, возможно, из-за задержек с получением результатов Британской судебно-экспертной службой по поводу жизнеспособности ДНК Судебная полиция все еще не имела окончательных результатов анализа ДНК образцов, взятых для проверки после поисков с собаками. Команда из четырех португальцев, состоящая из трех ученых и Рикардо Пайва, ранее допрашивавшего Макканнов, вылетела в Великобританию на «встречу по ДНК», но вернулась, ничего не решив. Для дополнительной проверки часть багажника арендованной машины Макканнов была возвращена для тестирования в португальской полицейской лаборатории.
По указанию Ребело СП провела поиск по телефонным записям жителей Прайя-да-Луш. Вполне логично, что упор был сделан на звонки, сделанные после 21:30 3 мая. Между тем на самом высоком уровне португальцы дали понять, что хотели бы снова допросить Макканнов и их товарищей по отпуску. Полицейские записи и сообщения прессы показывают, что основная группа детективов в то время была сосредоточена на теории о том, что Мэдлин умерла в результате «несчастного случая» вечером 3 мая, до того, как Макканны встретили своих друзей за ужином.
В отчете, составленном незадолго до Рождества, через семь месяцев после исчезновения, упоминаются «несоответствия», «некоторая непоследовательность», «отсутствие последовательной версии» в заявлениях компании Макканнов. Этот документ был составлен инспектором Жоау Карлосом, который работал над этим делом с самого начала, и теперь, когда Алмейда ушел, его роль стала более важной. Однако при внимательном прочтении в заявлениях друзей Макканнов сложно найти несоответствия, которые имеют реальное доказательственное значение.
Первое, на что указал Карлос, никто, кроме ее родителей и Дэвида Пейна, который заглянул в апартаменты 5А в какой-то момент ранним вечером, не видел Мэдлин между 17:35 и примерно 22:00, когда ее объявили пропавшей без вести. В отсутствие независимых наблюдений в течение этого периода Карлос, похоже, счел возможным, что «если ее родители действительно участвовали в исчезновении, то несовершеннолетняя могла погибнуть между 17:35 и 22:05».
Второй важный вопрос инспектора касался показаний Джейн Таннер, которая сообщила, что видела мужчину, несущего ребенка возле квартиры 5А около 21:15, а также Джерри Макканна и знакомого по курорту Джереми «Джеза» Уилкинса, с которым они болтали в то время на одной улице. Хотя Таннер сказала, что помнила, что видела Джерри и Уилкинса, проходя мимо, ни один из них не вспомнил, что видел ее. В отчете Карлоса подразумевается, что это подрывает доверие к тому, что, по утверждению Таннер, она видела.
