У исследователей не вызывает сомнений тот факт, что Нефертити была близкой родственницей Эхнатона (внешнее сходство), но была ли она дочерью Аменхотепа III? - не известно. Нефертити, предположительно, не носила титула "дочь царя" (хотя "ведь и о самом Аменхотепе IV, несомненно сыне Аменхотепа III и Тийе, ничего не (было) слышно до воцарения" (Ю.Я. Перепёлкин)), одноко в хвалебном тексте на одной из пограничных стел Ахет-Атона о ней говорится, как о "наследной принцессе" (будущий фараон Аменхотеп IV должен был жениться на одной из принцесс, как того требовали особенности древнеегипетского права престолонаследия). Показательно и то, что Хоремхеб, дабы узаконить своё пребывание на престоле, женился на младшей сестре Нефертити Мутнеджнет (Нотем-Мут), как на принцессе царской линии. Примечательно (В.В. Солкин "Истинное имя Таиах"), что в ряде амарнских текстов Мутнеджнет "открыто" называет себя дочерью кормилицы Тии (и тогда не исключено, что она - либо молочная сестра Нефертити; либо Тии, заменив её мать, вскормила и вырастила Мутнеджнет (как и Нефертити)). Следует отметить, что бытует гипотеза (Н. Ривз, В. Солкин) и о том, что Нефертити - дочь Эйе (родного брата Тийе, предположительно, правнучки (по матери) Тутмоса III) и Тии (что в свете "утробного права" чревато большими осложнениями при престолонаследии).
Заметим, что облик (внешность) обоих супругов (Аменхотепа IV и Нефертити) не свидетельствует об их автохтонности, - у обоих утонченные худощавые лица с тяжелыми веками и нежно очерченными носами, длинные тонкие шеи, затылочные части черепа "далеко выдавались" (голову Эхнатона от головки Нефертити отличает, в основном, узость его лица и отвислый подбородок). Черты лица царицы Нефертити нельзя назвать типично египетскими, поскольку они отнюдь не мягки своими линиями; её лицо было относительно не широким; пологий лоб и прямой нос лежали почти в одной плоскости; дуги бровей высоко изгибались над большими продолговатыми глазами, прикрытыми тяжёлыми веками; губы были полными, но не выступающими; подбородок - волевым, но не тяжёлым (Ю.Я. Перепёлкин "Тайна золотого гроба". 1969). Существует мнение, что разрез её глаз, их открытость, изгиб бровей, поджатые губы, - сходны с чертами прикаспийских женщин (люди т.н. "каспийского типа" характеризуются таким комплексом антропологических признаков, как средний и невысокий рост (несколько грацильны), узковатое лицо, миндалевидные тёмные глаза, слегка выпук╛лый (нередко прямой) нос, смугловатый цвет кожи, тёмная пигментация волос).
Широко известная скульптурная головка Нефертити (известняк, раскрашена, в высоком синем венце) с утонченными чертами лица, "в которых спокойная приветливость почти заглушена выраже-нием неприступности... такою "госпожа земли до края её" могла представать перед подданными", была найдена Л. Борхардтом в 1912 году, в ваятельной мастерской скульптора Тутмоса при раскопках эль-Амарны. С помощью компьютерной томографии берлинские ученые исследовали знаменитый бюст и обнаружили под штукатуркой более раннее изображение царицы. "Внутреннее" (под штукату╛ркой) лицо Нефертити обладало менее выдающимися скулами, небольшой горбинкой на носу, ямочками возле рта и щек и меньшей глубиной уголков глаз, вокруг рта были морщинки. Древний мастер "отшлифовал" царице лицо, углубил глаза, увеличил скулы, оставив неизменными лишь уши. В той же мастерской найдена и другая, менее известная, голова Нефертити (песчаник, ещё без головного убора и почти не раскрашена) "с невозмутимо-нежным лицом, с необыкновенной улыбкой, бесконечно тихой и сдержанной" (Ю. Перепёлкин).