Как известно, фараон Эхнатон издал и указ, разрешающий близким ему женщинам быть жрицами. Так, жрицами высокого ранга стали царица Нефертити (есть свидетельства о том, что помимо богослужений совместно с Эхнатоном, Нефертити руководила вечерней службой в храме Атона в Ахет-Атоне), а также Мери-та-Атон (48.), старшая дочь фараона. Заметим, что подобные прецеденты наблюдались и ранее (48.; 96.): например, супруга фараона Аамеса Нефертари, прародительница XVIII династии, являлась верховной жрицей Фиванского храма - "супругой Амона"; в Иуну (в Гелиополисе) высшая жрица носила название Ур-т Текхент, а в Бубастисе - Ур-т Ра.
Показательно, что Нефертити называли "ублажающая (умиротворяющая) Атона своим сладкозвучным голосом (видимо, она пела гимны, поскольку, к примеру, "Большой" гимн - "утреннее прославление" Атона), а также и своими руками приглядными, которые держат систры (систрами также бряцали и царевны)". Обычно же роль жрицы-музыкантши исполняла начальница женской коллегии служительниц богини Хатхор (с которой отождествлялась Нефертити на Хеб-седе в Карнаке).
По мнению Ю.Я. Перепёлкина ("Кэйе и Семнехкер. К исходу солнцепоклоннического переворота в Египте". 1979. с.24): "Необыкновенное положение царицы (Нефертити) рядом с фараоном было положением супруги, а не соправительницы". С такой точкой зрения категорически не согласен К. Жак ("Нефертити и Эхнатон". 2006 г): "Египтологические исследования последних лет показали решающую роль царицы (Нефертити) в управлении государством".
Можно полагать, что царица Нефертити - активная соратница (сподвижница) мужа в деле его реформы ("многочисленные свидетельства позволяют считать ее, наряду с фараоном Аменхотепом IV, инициатором (проводником) религиозной реформы"), которую и сам фараон полагал центральным событием (делом) своего правления. Считается, что Нефертити основное внимание уделяла реформе, распространению учения Эхнатона, а не вопросам управления государством, ибо (Кристиан Жак) "сакральное... всегда в Египте считалось главной ценностью" (Эхнатон, вероятно, поэтому и сам не слишком вникал в вопросы внешней политики империи). Весьма показателен текст одной из гробниц Ахет-Атона: "(Солнечный) Диск восходит, дабы явить свою милость Нефертити, и заходит, удвоив свою любовь к ней", который свидетельствует об "особом отношении Атона" к "великой царице" (её особой, предписанной свыше, роли при "сыне Атона", "единственном для Ра", которую Нефертити успешно исполняет). Существует достаточно свидетельств, подтверждающих особую роль супруги "сына Атона": каменные плиты с изображением царской семьи, озарённой лучами-руками с анкхами (см. выше), которые устанавливались вельможами для поклонения у себя дома в Ахет-Атоне; или молебственные просьбы, возносимые одновременно к Атону, фараону и царице о ниспослании всяческих благ, начертанные по бокам дверей в гробницах царедворцев; и говорящих о том, что в эхнатонизме Нефертити представлялась вельможам столицы (по крайней мере), почти как богиня (ей приписывался божественный статус), как наделённая особым сакральным статусом "невестка" Атона. На это (высокий сакральный статус) указывает наличие статуй царицы в большом храме Атона в Ахет-Атоне (Кристиан Жак), на которых были высечены картуши с именами Атона: по два на предплечьях статуи, по два на груди и по одному в центре статуи (над талией). Любопытно, что число картушей (пять) связывает данный образ царицы с хтоническим миром (на возможность замены хтонических проявлений Исиды (и/или Нефтиды) образом царицы Нефертити говорит тот факт, что, обычно устанавливаемые по углам саркофага четыре фигурки богинь-охранительниц, в амарнский период были заменены статуэтками Нефертити (существование богинь отрицалось, но погребальные обряды должны были быть соблюдены). Примечательно и то, что на изображениях гробниц Ахет-Атона совершенно отсутствуют сцены загробного суда умершего, а традиционные боги-судьи заменены фи╛гурами Эхнатона и Нефертити, приносящих обильные жертвы Атону.
Как известно, самое раннее упоминание о царице Нефертити относится к четвёртому году правления её супруга. И, как предполагает Ю.Я. Перепёлкин, именно тогда Аменхотеп IV женился на ней, совсем юной девушке (их старшая дочь, впервые надёжно засвидетельствованная на шестом году правления, родилась не ранее пятого года правления Эхнатона). В письме Тущратты (ЕА26), в котором он, в частности, просит Тийе повлиять на некие решения сына, ещё не достаточно опытного прави╛теля, хурритский царь приветствует Тадухену (и царицу Тийе) поимённо, при этом никак не упоминая о Нефертити. Своё имя царица Нефертити (означает "Прекрасная (Хатхор) пришла"), активно участвовавшая в религиозных реформах мужа, заменила в тоже время, что и Эхнатон, на наименова╛ние "Нефер-неферу-Атон" - "Совершенно совершенство Атона" (где термин "неферу" - "совершенство" обычно переводят как "красота", "благость", "справедливость").