По-видимому, при всём своём благородстве, кажущейся простоте и прогрессивности, эхнатонизм не смог (не успел) снискать одобрения или поддержки ни у кого, кроме выдвинутой фараоном новой служилой знати и их людей (нередко из страха либо корыстных соображений). Характерно, что основная масса простых египтян сохраняла в составе своих имен наименования традиционных бо-жеств и не заменяла их на имя "Атон". Сыграло, как представляется, и свою негативную роль в отношении к эхнатонизму и низведение бога-творца, единого и единственного Атона, до уровня фараона (воспринимаемого как "малый" бог), а также и неоднозначное отношение Эхнатона к учению о загробной жизни (96.): "Верующий в загробную жизнь египтянин оказался дезориентированным [в частности, если богов не существует, то кто же оценить греховность, кто проведёт загробный суд? а без этого вечную жизнь в иномире не обрести], а их (таких людей) было большинство, и все они были в лагере противников Атона (учения Эхнатона)". Весьма показателен, например, тот факт, что на стеле Аменемхета имя бога Амона подверглось уничтожению, а имя бога Осириса осталось в неприкосновенности (как и имя Исиды, его супруги). Известны случаи, когда царское повеление об уничтожении божественных имен (что, по мнению многих египтологов, являлось магической "опера╛цией") по какой-то причине не выполнялось (или выполнялось небрежно). Во многих регионах и городах резчики оставили нетронутыми имена древних божеств. Так, в Фаюме, например, изуродован╛ных памятников весьма мало. Показательно и то, что даже некоторые жители Ахет-Атона тайно продолжали поклоняться привычным и близким, охватывающим все стороны жизни, старым богам: в городе найдена статуэтка (урна) бога Бэса, божества, охраняющего человека от бедствий; на стеле одного царедворца изображены рядом Атон (с эпитетом "единственный"), Осирис-Сокар и Хнум; в доме некоего Птахмоса (заметим, что Эхнатон никого не принуждал изменять старые имена) находилась стела с восхвалением бога Птаха; обнаружены амулеты и мелкие культовые предметы, посвященные таким божествам, как Бэс, Исида, Тауэрт (покровительница рождения, беременных женщин и новорождённых) и даже Амон; было найдено золотое кольцо с кабошоном в форме лягушки (богиня влаги и дождя Хекат), сидящей на скарабее; с внутренней стороны кольца выгравировано имя "Мут, госпожа Неба" (супруга Амона). Двенадцатым годом правления Эхнатона датируются две печати от винных кувшинов, на которых упомянуто имя Амона.
Таким образом, единый и единственный бог Атон не смог заменить египтянам сонм великих и малых богов, всевозможных духов, "общение" с которыми всегда было насущной, повседневной пот-ребностью древних египтян. "Нет ничего удивительного в том, что столь созерцательная и интел-лектуальная доктрина, - замечает Мирче Элиаде, - оказалась непонятной простому народу, который либо игнорировал, либо ненавидел её" (82.с34).
По-видимому, после кончины Эхнатона культы обоих богов (Атона и Амона) некоторое время сосуществовали, но при этом "имперским" богом считался Амон. Все храмы Атона в Ахет-Атоне, по мнению проф. Дональда Редфорда, действовали после смерти Эхнатона до то поры, пока Тутанхамон не перебрался в Мемфис. На небольшой плите (Берлинский музей) юный фараон возносит моления "Амону-Ра, царю богов", и его супруге "Мут, владычице Неба, госпоже богов", хотя и называет себя по-прежнему Тутанхатоном. Заметим, что ещё в "здравствующем" Ахет-Атоне при раскопках обнаружены два кольца с надписями (датированы), в которых фараон уже именует себя Тутанхамоном. В гробнице Тутанхамона найдено изображение царя и его жены Анхесенпаамон, сидящих в одном из залов дворца (возможно, еще Ахет-Атона). Падающие сверху лучи солнца озаряют супругов. При этом солнечный диск изображен так, как его изображали при Эхнатоне: отходящие от диска лучи переходят в человеческие ладони, но имя "Атон" уничтожено и заменено на "Амон". Такая же замена имён произведена и на обнаруженном в гробнице ковчежце с барельефом, передающим различные эпизоды семейного быта Тутанхамона. На кресле, получившем название "жреческий трон", упоминаются оба наименования фараона: Тутанхатон и Тутанхамон.
Считается, что, по меньшей мере, в период правления Тутанхамона культ Атона отправлялся и в Фивах, и в Мемфисе, и в Гелиополе - в трех крупнейших религиозных центрах страны (вероятно, в этом заслуга регента Эйе). Существует мнение, основанное на артефактах, что законспирированные секты Атона просуществовали вплоть до XIII в. до н.э. (что соотносится с Исходом Моисея при Рамсесе II).