На разногласия между сыном-соправителем, склонным к реставрации традиционного разветвлен-ного политеизма (Ю. Перепёлкин характеризует верования Семнех-Ка-Ра как "половинчатое солнцепоклонничество"), и отцом-фараоном, фанатиком в вопросах веры, указывает факт отсутствия в картушах Семнех-Ка-Ра (конец его соправления) обычных упоминаний о любви к нему Эхнатона. Тогда же упорный соправитель изменяет своё прежнее имя "Нефер-нефере-Атон" на "Семнех-Ка-Ра". Считается, что Семнех-Ка-Ра, процарствовав всего около трёх лет, скончался. И возникает вопрос: уж не послужили ли некие мероприятия (деяния) и заявления Семнех-Ка-Ра (видимо, находящегося под влиянием жречества Амона) в части "корректировки" реформы отца-фараона, причиной его безвре╛менной кончины (ибо "противник всякий царя (обречен) мраку")? "Всё говорит за то, что он был похоронен убогим образом... почему-то... не по-царски", - удивляется Ю.Я. Перепёлкин и предпола╛гает: "не был ли он свергнут с престола?", описывая Эхнатона как деспота ("Тайна золотого гроба". 1969): "это был грозный властитель, и страшны были расправы, которые он чинил над ослушниками своей воли". Примечательно, что ещё в 1911 г А. Вейгалл обратил внимание на странный головной убор трупа из "золотого гроба т.н. гробницы Тийе": нагрудный знак из листового золота, изображавший коршуна с кольцеобразно воздетыми крыльями, был соответствующим образом согнут и надет на голову Семнех-Ка-Ра. Поскольку в данном случае коршун являлся священной птицей супруги Амона богини Мут (представлял её), данный головной убор символизировал посмертную связь Семнех-Ка-Ра (как, видимо, и его помыслы при жизни) с богом Амоном. Сам факт обнаружения трупа соправителя Семнех-Ка-Ра в "золотом гробу" (перезахоронение) указывает на признание его своим сторонником фиванскими "ревнителями старины". Возможно, это предположение (Эхнатон покарал сына за вероотступничество) подтверждается тем, что последней женой Эхнатона становится именно Мери-та-Атон, вдова Семнех-Ка-Ра, ибо Эхнатон, "живущий в Правде (по Маат)", должен был испытывать чувство вины перед дочерью, которую лишил мужа.
Согласно интерпретации некоторых изображений, найденных в гробнице Тутанхамона, фараон Эхнатон, похоронив Семнех-Ка-Ра, сам выбрал себе нового преемника. Следующим фараоном, процарствовавшим десять лет, стал в девятилетнем возрасте Тутанхамон (ранее - Тот-анкх-Атон), как предполагалось, сын Эхнатона и Мери-Кийе (выявлено, что отец и сын страдали одним и тем же редким заболеванием). Важно отметить, что согласно анализу ДНК царских мумий (2010 г), матерью Тутанхамона являлась не Мери-Кийе, а одна из родных сестёр Эхнатона (Исида или Сатамон; т.е. Моисей мог быть "братом" Тутанхамона). Примечательно, что и некоторые из царских картушей, первоначально принадлежащих Семнех-Ка-Ра, как соправителю Эхнатона, были переделаны в картуши Тутанхамона.
Женат Тутанхамон был на Анкх-(а/е)сен-па-Атон ("Живущая для Атона/Жизнь принадлежит ("(а/е)сен") Атону"), третьей дочери Эхнатона от Нефертити, также принужденной после смерти отца изменить своё имя. Анкх-есен-па-Атон (была старше своего мужа на два года); она и Тутанхамон были парой, очень любящей друг друга (две их девочки умерли при родах).
Недавняя находка (конец 2008 г) - известняковый блок (первоначально - элемент храма Атона из Ахет-Атона, который (блок) при Рамсесе II был использован для сооружения пилона храма бога Тота в городе Гермополе) с изображёнием юного Тутанхамона, сидящего вместе со своей женой Анкх-есен-па-Атон, и сохранившимся текстом: "сын царский от плоти его, Тутанхатон" и его супруга "дочь царская от плоти его, Анкх-есен-па-Атон" (сообщение Высшего Совета по древностям АРЕ (SCA)), подтвер╛ждает, что Тутанхамон - сын фараона Эхнатона.