Айя (Эйе), захватив престол, показал себя достойным и вполне полезным для страны монархом (48.с336). Характерно, что Эйе нигде, ни одним словом, не упоминает о "новом учении", напротив, он приносит жертвы Амону и другим божествам, делает богатые приношения храмам, воздавая должное старым традициям. Сохранилась надпись фараона Эйе (пещерный храм в эс-Саламуни близ Ахмима), в которой он говорит о своей роли в восстановлении в стране традиционного политеизма: "Я удалил зло. Каждый теперь может молиться своему богу". Принято считать, что при нем имя бога Атона особым гонениям не подвергалось. Заметим, что именно в усыпальнице, приготовленной для Эйе в Ахет-Атоне, и был обнаружен выгравированный на стене "Большой гимн богу солнца Атону".
Когда фараон Эйе умер, вероятно, от чумы (гробница в Баб-эль-Молуке, на западе от Фив), на некоторое время страну охватила анархия и "Фивы стали добычей разбойничьих банд, которые устремились к царским могилам". Для подавления бунта черни фиванское жречество, по-видимому, обратилось к князю Хоремхебу, в это время (48.с337) приватно жившему в своём городе Ха-Сутене (война с хеттами из-за чумы прекратилась), как к наиболее опытному военачальнику. После того, как Хоремхеб жестоко расправился с бунтовщиками и восстановил порядок, жрецы, от имени бога Амона, видимо, предложили ему, представителю старой номовой аристократии, зарекомендовавшему себя как "человек хорошей репутации" ещё при Аменхотепе III, занять пустующий престол. Чтобы узаконить свой приход к власти, Хоремхеб женился на Мутнеджнет (Нотем-Мут), младшей сестре Нефертити, принцессе царской линии (вдове, верховной жрице Амона). В последствии лишь Хоремхеб, поладивший со жрецами Амона ("Он (Амон) дарует жизнь и счастье сыну своему Хоремхебу" (коллонада Хоремхеба в Лкусоре), официально признавался первым законным фараоном после Аменхотепа III. Заметим, что вероятно поэтому (но как неоднократно и до него) Хоремхеб присвоил себе все сооружения и статуи своих непосредственных предшественников (которых фиванское жречество не хотело признавать) - Тутанхамона и Эйе, стерев их имена и поставив взамен свое.
И, тем не менее, какие-то противоречия между властью фараона Хоремхеба и властолюбивым фиванским жречеством, вероятно, возникали. Так (А. Вейгалл), он (примерно, на втором или третьем годах правления) назначил верховным жрецом Ра в Гелиополе бывшего сановника из Ахет-Атона Паатонемхеба (видимо, своего старого сослуживца). Представляется, что фараон Хоремхеб, не слишком доверяя жрецам Амона, из предосторожности не остался жить в Фивах, а через два месяца после прихода к власти отплыл со своим двором на север, в Мемфис, перенеся царскую резиденцию.
Став царём, Хоремхеб проявил себя (94.с318) как проницательный, мудрый и гуманный правитель, борец со злоупотреблениями чиновничества. Он учредил в каждом городе судебные палаты из жрецов и знати. По отношению к эхнатоновским чиновникам репрессии и акты произвола запрещались специальным его указом. Фараон Хоремхеб, по сути, продолжил политику Эхнатона по выдвижению на государственную службу многих представителей средних слоев (умножая число преданных ему людей). Подобно Эхнатону "Его величество (Хоремхеб) советовался со своим сердцем (тоже жил "по Маат")... чтобы прогнать зло и уничтожить неправду" (из указа, начертанного на южной стороне Карнака). Основные усилия Хоремхеб направлял на внутреннюю консолидацию страны (2.с287), при нём началось военно-политическое возрождение Египта. Хоремхеб ежегодно лично объезжал страну.
Следует отметить, что различные исследователи относят преследование памяти Эхнатона как к эпохе Хоремхеба (i.e. W. Wolf "Kulturgeschichte des alten Еgypten". Stuttgart, 1962. P. 295), так и ко времени других рамессидов, фараонов XIX династии (R.Hari "Haremhab et la reine Moutnedjemet". 1964. P. 250, 430 ff). По-видимому, при Хоремхебе преследованиям подверглись исключительно идейные сторонники учения Эхнатона, бывшие служители культа бога Атона, которым пришлось скрываться либо бежать из страны (таким, как жрец Мери-Ра). Предполагается, что выполняя волю фиванского жречества, фараон Хоремхеб завершил ликвидацию реформы Эхнатона. Он приказал восстановить все разрушенные при Эхнатоне "дома богов", изваять все изображения божеств, какими они были прежде, и поставить на прежние места в храмах: "Он восстановил храмы от болот Дельты до вод Нубии... Он назначил жрецов, и их помощников, и стражей. Он передал им земли и скот, снабдив их всем необходимым для жизни".