Местоположение Яматай и соотношение Химико с историческими фигурами, упоминаемыми в японских нарративных источниках более позднего времени, является предметом постоянной научной и околонаучной дискуссии. И если единственным приемлемым кандидатом для Химико является Дзингу: (поскольку японские письменные источники сообщают только об одной женщине-правительнице, хотя, согласно данным сводов, она и не прошла церемонии интронизации), то с локализацией Яматай дело обстоит сложнее. В разное время историки склонялись то к северному Кюсю, то к равнине Нара, пытаясь найти при этом какие-то археологические подтверждения. В настоящее время более авторитетной считается вторая точка зрения. Однако следует иметь в виду, что вся дискуссия относительно Яматай строится на основании одного упоминания в «Вэй-чжи». Поэтому поиски Яматай несколько напоминают попытки локализации Атлантиды, о которой также содержится одно-единственное упоминание у Платона.
Не связывая проблему формирования раннеяпонской государственности ни с Яматай, ни с Химико, мы также придерживаемся мнения о равнине Нара как о центре формирования протояпонской государственности, поскольку к III в., как свидетельствуют археологические данные, север Кюсю в определенной мере утрачивает свое технологическо-культурное преимущество в качестве региона-донора, и распространение кругло-квадратных курганов идет именно из района Кинай на Кюсю (т. е. оттуда, где культура рисосеяния получила в результате наибольшее развитие), а не наоборот. Раскопки, проводимые в районе Осака-Нара-Киото, демонстрируют наличие там развитого и высокоспециализированного типа хозяйствования: поселений земледельцев, гончаров, рыбаков, солеваров, кузнецов. Наличие в крупных скоплениях кофун отличных по своему погребальному инвентарю курганов разных форм и размеров свидетельствует о далеко зашедшем процессе социальной и имущественной дифференциации. Тем не менее, север Кюсю продолжал играть значительную роль в культурной, хозяйственной и политической жизни Ямато благодаря частым контактам с материковой цивилизацией, высокому культурно-технологическому уровню населения, наличию месторождений железосодержащего песка.
Поселения периода кофун демонстрируют возросшую социальную стратификацию. В период яёй все люди из одной общины жили на одной территории, окруженной рвом с водой. В курганный период выделяются «управляющие», которые основывают обнесенные изгородью усадьбы, стоящие отдельно от основного поселения — точно так же, как и курганы, вынесенные за пределы кладбищ для «простолюдинов». Жилища последних явно подразделяются на несколько типов по размеру и конструкции (наземные, полуземлянки), которым, по всей вероятности, соответствуют и разные типы захоронений (могилы различной площади и с разным похоронным инвентарем).
Площадь поселений периода кофун значительно возрастает по сравнению с предыдущим периодом. Так, площадь одного из наиболее крупных поселений времени яёй Карако-Каги составляет 22 тысячи кв. м. Площадь же поселения курганной эпохи Макимуку, расположенного на территории той же самой префектуры Нара, равняется одному квадратному километру. Макимуку, по всей вероятности, представляло собой центр схождения многих торговых путей, о чем свидетельствует большое количество керамики, завезенной из других регионов (около 15 %).
