485–484 гг. до н. э. Сын Дария Ксеркс (правил в 486–465 гг. до н. э.) подавляет восстание в Египте. Он правит жесткими методами и уделяет мало внимания настроениям среди подданных. При Ксерксе и его преемниках Египет нищает, а беспокойство и ненависть среди народа растут.
480 г. до н. э. Ксеркс вторгается в Грецию, но его флот терпит поражение в Саламинской битве.
479 г. до н. э. Персидская армия разгромлена в битве при Платеях в Центральной Греции. Малоазийские греки становятся независимыми от Персии.
465 г. до н. э. После смерти Ксеркса, которого сменяет на престоле Артаксеркс I (правил в 465–424 гг. до н. э.), в Дельте поднимается новое восстание под предводительством Инара, местного правителя, который, по-видимому, был наследником Сансской царской династии. Египтяне берут под свой контроль большую часть Дельты.
459 г. до н. э. Инар получает помощь от греков, и восставшие египтяне занимают весь Мемфис, кроме внутренней цитадели, куда отходит персидское войско.
454 г. до н. э. Персы переходят в контрнаступление: Инар взят в плен, увезен в Персию и там казнен, греки едва не изгнаны из Египта.
Ок. 447 г. до н. э. Греческий историк Геродот посещает Египет. Теперь, когда мир в стране восстановлен, чужеземцам оказывают радушный прием. Греки издавна восхищались Египтом, и Геродот посвятил этой стране немало страниц своей
Примерно в это же время Навкратис теряет свое особое значение и монополию в торговле, но лишь из-за того, что по всей стране появилось огромное число греков, занимающихся самой разнообразной коммерцией.
424 г. до н. э. Умирает Артаксеркс I, престол наследует Дарий II (правил в 424–405 гг. до н. э.).
405 г. до н. э. Дарий II умирает, к власти приходит Артаксеркс II (правил в 405–359 гг. до н. э.), которому практически сразу приходится иметь дело с мятежом среди жителей Дельты. Вскоре это народное движение положит конец первому периоду персидского господства в Египте.
404 г. до н. э. Амиртей (правил в 404–399 гг. до н. э.), который, возможно, был потомком саисских царей, упомянут Манефоном как единственный царь из Двадцать восьмой династии, правившей в Саисе. Он освободил Дельту от персов.
400 г. до н. э. К этому времени персы изгнаны со всей территории Египта, страна перешла в руки Амиртея. Но его личный успех был недолговечен: египетский трон был узурпирован основателем Двадцать девятой династии.
399–380 гг. до н. э. Правившая недолго Двадцать девятая династия состояла из трех царей, столица которых находилась в Мендесе в восточной Дельте. Их внутренняя политика отличалась щедростью по отношению к храмовому жречеству, а во внешних делах они сосредоточились на сохранении — при поддержке греков — независимости Египта от Персидской державы, которая продолжала видеть в Египте лишь мятежную провинцию.
386–383 гг. до н. э. Попытка Артаксеркса II, все еще занимавшего персидский трон, вновь завладеть Египтом отражена царем Ахорисом (егип. — Хагор, правил в 393–380 гг. до н. э.) с помощью афинского полководца Хабрия.
«Ионянам же и карийцам, которые помогли ему [вступить на престол], Псамметих пожаловал участки земли для поселения… С этими поселенцами эллины, естественно, поддерживали сношения, и потому-то мы так хорошо осведомлены о всех событиях в Египте со времени Псамметиха и позднее. Они были первыми иноземцами, поселившимися в Египте».
380 г. до н. э. Тридцатая династия (380–343 гг. до н. э.), последняя царская династия независимого Египта, начинается с Нектанеба I (правил в 380–362 гг. до н. э.), полководца из семьи потомственных военных, который, скорее всего, пришел к власти путем заговора. Годы его правления — это период процветания страны. Нектанеб начинает крупномасштабное строительство по всей стране. Он строит самую древнюю часть храма Исиды на острове Филэ и дарует крупные земельные угодья храму Хора в Эдфу.
373 г. до н. э. Нектанеб I отражает вторжение персов, воспользовавшись ежегодным разливом Нила: большая часть Дельты была затоплена, когда персы двигались к Мемфису.