Фишер подходит к определению роли и значения философии с разных сторон. Констатируя, что конкретные науки характеризуют действительность с точки зрения определенной грани бытия, он отмечает необходимость цельного и разумного взгляда на мир, ибо предметы частных наук суть только части и стороны единства целого – существующей действительности, да и сами частные науки требуют общего, т. е. философского, осмысления. Философия исследует общие закономерности действительного мира, преодолевая заземленность преходящих явлений и выполняя функцию объяснительного начала всех прочих наук. Однако априористический подход к философии, по мнению Фишера, зачастую превращает ее в рационалистические и схоластические размышления о безусловном, тогда как она должна быть по преимуществу осмыслением «действительного мира». Изучение же последнего начинается с «опытного», считает мыслитель, поэтому философия в конце концов есть внутреннее взаимопроникновение двух элементов, априористического и опытного. Конечный вывод Фишера таков: «Дух и природа есть проявление безусловного Божества». Поэтому философия как бы востекает в теологию, религию. Разум оказывается подчинен вере, философия – откровению.
Однако философия в отличие от теологии исследует действительный мир. В своем осмыслении реальности философия как «наука наук» опирается на добытые другими науками знания. Отсюда, по мнению Фишера, проистекает и относительная самостоятельность разума, в котором нет ничего враждебного вере. Более того, предостерегая от превратного употребления разума, философ считает, что последний при правильном развитии и образовании его не только может, но и должен быть допущен в делах веры. Допущение о способности разума осмыслить вопросы веры закономерно приводит Фишера к выводу о том, что последние начала всего существующего и происходящего совершенно одинаково покрыты мраком таинственности, недоступной сотворенному духу. Опора на веру остается единственным выходом в этой тупиковой ситуации. Путеводной же нитью, позволяющей Фишеру обосновать разумность и плодотворность философского познания мира, остается человек. Самое трудное и важное дело, по его мнению, разгадать и постигнуть человека. Человек оказывается предметом и мерилом знания. Так, например, чем более совершенствовались естественные науки, тем более рассмотрение природы от крайней периферии (астрономия и другие науки) возвращалось к своему средоточию – человеку. Человека Фишер чаще всего исследует реалистично, опираясь на достижения современных ему естественных наук. Подчеркивая методологическое значение антропологии, мыслитель в традициях антропологического принципа анализирует двойственность в единстве человеческой природы, склоняясь к объективно-идеалистическому монизму. Ученый постоянно стремится опереться на естественнонаучные закономерности, которые корректируют умозрительные постуляции. высоко оценивает опыт, хотя и видит его ограниченность. На первый план Фишер выдвигает исследование закономерностей активности человеческого духа, который реализуется в познании. В познании человек осваивает внешний мир, лежащий вне субъекта познания. Это мир материальной вещи, который движется в пространстве и времени и отражается, постигается человеком прежде всего в опытном знании, а затем и в идеальном умозрении.
Фишер различает две ступени познания: низшее – чувственное, опытное; высшее – умозрительное, мыслительное. Первое дает возможность осмыслить явление вещи, второе – ее сущность. Философ подробно исследует чувственное восприятие, функционирующее на основе ощущений. Механизм ощущений характеризуется через нервную деятельность. Внешняя действительность вызывает «жизненные движения» как ответную реакцию, однако объяснить особенности этих жизненных движений мыслитель не может, так как не располагает убедительными опытными данными. Таким образом, Фишер в процессе познания выделяет три взаимосвязанных факта: 1) «что-то внешнее, восприимчивое»; 2) «себя самого, воспринимающего»; 3) «действие или процесс, происходящий между мною и предметом, восприятие». Восприятие характеризуется им как объектно-субъектная связь, которая начинается с субъективного осмысления объективного воздействия. И тогда – зачастую вопреки собственной аргументации – Фишер сводит процесс познания только к «духовной самодеятельности». Тем не менее выводы русского философа продуктивны: наши познания – «идеальные образы действительно существующих вещей». Этот и другие тезисы вытекали прежде всего из данных естественных наук, фиксирующих уровень научного понимания гносеологического процесса. Одновременно Фишер критически оценивает попытки механистического объяснения сознания и познания, свойственные материалистическим теориям.