Но это новое учреждение столкнулось в своей деятельности с серьезными затруднениями. Во-первых, его практика не соответствовала традиционным для Арагона и Каталонии формам расследования; во-вторых, местные инквизиторы лишены были прав юрисдикции; в-третьих, новые должностные лица проявляли чрезмерную суровость в своей деятельности и злоупотребляли данной им властью, причем делали это в весьма демонстративной форме. В Сарагосе дело дошло до восстания (как раньше в Кордове против инквизитора Люсеро); арагонский инквизитор Педро Арбуэс был убит. Подозревали, что в этом деле замешаны не только обращенные, но и такие высокопоставленные лица, как вице-канцлер Альфонсо дела Кавальериа, которого папа освободил от подсудности инквизиции по бреве 1488 г. В Барселоне советники пытались воспротивиться учреждению инквизиционного трибунала (1484 г.). В ответ на требования короля городской совет заявил протест, ссылаясь на то, что в Барселоне нет ни евреев, ни мавров; в своей петиции барселонцы отмечали, что «все напуганы слухами, которые распространяются о казнях и процессах, происходящих в Кастилии», и что «если жизнь еще теплится в городе, то он обязан этим лишь скудной торговле, которую ведут упомянутые обращенные; им принадлежит львиная доля капиталов, которыми располагает город; только благодаря их торговле кораллами, шерстяными тканями, кожами и другими товарами существуют многие ремесленники; к тому же незадолго до этого, опасаясь, что инквизиция в Барселоне будет действовать столь же сурово, как в Валенсии, Сарагосе и других городах, большинство из них, и в том числе самые богатые, задумали уехать, и многие уже отправились в Перпиньян, Авиньон и в другие места, отъезд же остальных повлечет за собой окончательное разорение и гибель этого города». Протесты были столь энергичны, что, когда впервые в Барселону прибыли новые инквизиторы (1486 г.), их заставили покинуть город. При этом советники действовали в полном согласии со всеми сословиями Барселоны, а епископ, капитул и старый каталонский инквизитор Комес не признавали полномочий инквизиторов, назначенных королем и королевой. Вмешался папа, были даны новые полномочия, и, наконец, новая инквизиция утвердилась в Барселоне (1487 г.). Но советники отказались принести присягу, которой потребовал от них главный инквизитор. Эта оппозиция объяснялась не только экономическими, но и политическими мотивами, так как советники и Генеральная Депутация считали, что учреждение нового судилища противоречит фуэрос и привилегиям и что в своей деятельности оно часто будет приходить в столкновение с нормами обычного права и судебными привилегиями горожан (сессия 20 июня 1487 г.). К этому еще присоединялось нежелание жителей Барселоны допустить в свой город должностных лиц иностранного происхождения (новые инквизиторы были кастильцами), составивших преувеличенные представления о своих прерогативах и считавших, что они стоят выше всех прочих, как церковных, так и гражданских, властей Барселоны. Так, инквизиторы приказали поставить свои кресла в главном алтаре собора, на том месте, где обычно восседали короли или вице-короли Советники заставили инквизиторов убраться из алтаря. В этой борьбе каталонские епископы не раз вступали в союз с Депутацией и советниками. Трибунал начал свою деятельность 14 декабря 1487 г. (хотя уже за шесть месяцев до этого начались аресты обращенных и других подозрительных лиц, и конфискации имущества). 51 обращенных были оправданы и отпущены, но им было запрещено носить золотые и серебряные украшения и шелковые одежды, отправлять государственные должности и быть врачами, цирюльниками, аптекарями, откупщиками и т. д. С 1488 по 1492 г. были сожжены живьем 15 и «в изображении» 243 человека и приговорены к пожизненному заточению 71 человек. С 1489 по 1490 г. в Таррагоне были сожжены шесть человек (в том числе пять женщин) и 41 «примирены с церковью и приговорены к пожизненному заключению». В Валенсии с 1512 по 1514 г. были сожжены живьем 65 и «в изображении» 17 человек.
Естественно, что инквизиция не ограничивалась преследованиями людей, но, по примеру Сиснероса, уничтожала также еврейские книги. Известны распоряжения инквизитора «графств и епископств Таррагоны, Барселоны, Вика, Хероны и Эльны», лиценциата Фернандо де Монтемайора от 1498 г. Получив сведения, что «у многих христиан есть библии и другие книги по медицине, хирургии и иным искусствам, еврейскими буквами и на еврейском языке писанные, а также полные библии или части их, переведенные или переложенные на народный язык и на романсе», он приказал, «чтобы эти книги были ему доставлены и названы лица, у которых они имеются, под угрозой отлучения и конфискации всего имущества».
В результате началась усиленная эмиграция обращенных, там, где, как в Барселоне, это оказалось для них возможным. Те же, кто не мог бежать, оказались в крайне тяжелом положении. Эти лица навлекали постоянные подозрения инквизиции и подвергались нападкам со стороны черни.
