Но осуществление мероприятий по организации судопроизводства сопряжено было с серьезными затруднениями, которые вызывались конфликтами между гражданскими и церковными судьями и трибуналами. Вопросов этих касаются решения кортесов в Мадригале и Толедо. Так, согласно одному из таких решений, запрещалось мирянам (христианам, евреям или маврам) судиться в церковных судах и приносить в них присягу; другим решением было определено, что капелланы не могут подавать на мирян иски в церковный суд, поелику подобные дела подсудны ординарным судам. Третье постановление содержит указание о суровых карах по отношению к церковным судьям, которые вмешиваются в обычное судопроизводство. Изабелла весьма энергично выступила в защиту прав ординарных судов, считая, что тем самым она отстаивает государственные интересы. Подобная политика, которая является липшим свидетельством централизаторских стремлений королей, приводила к кровавым столкновениям. Коррехидор Трухильо задержал одного преступника, который потребовал передачи своего дела в церковный суд под тем предлогом, что он священнослужитель, и это привело к мятежу, вызванному и возглавленному духовными лицами. Изабелла направила в Трухильо войска, и мятеж был подавлен, причем королева приказала повесить главных зачинщиков-мирян, а участвовавших в смуте духовных лиц выслала из пределов страны. Только однажды королева отступила перед церковной юрисдикцией, и то из уважения к кардиналу Мендосе, архиепискому толедскому, который утверждал, что в пределах его диоцеза королевский суд функционировать не может. Но и в этом случае Изабелла не уступила полностью, а согласилась только на созыв комиссии законоведов, которой поручено было рассмотреть конфликт, вызванный кардиналом. Все же церковные суды продолжали конкурировать с гражданскими трибуналами. Изъятия из юрисдикции короны по-прежнему имели место, хотя они были и не столь, значительны, как прежде.
Новая святая эрмандада (Santa Hermandad). Однако нормального судопроизводства было недостаточно, чтобы прекратить насилия, которые постоянно чинились в Кастилии то власть имущими людьми, то злоумышленниками и разбойниками, которым первые покровительствовали. Эрмандада Толедо имела очень ограниченную сферу действия; Генеральная Эрмандада Кастилии и Леона прекратила свое существование после смерти Энрике IV. А так как гражданская война снова ввергла страну в состояние анархии и возросло количество разбойничьих шаек, то решено было воскресить это древнее учреждение, придав ему большую силу. Инициативу взяли на себя счетчик Алонсо де Кинтанилья и генеральный викарий Вильяфранки — Хуан де Ортега. Идея была одобрена на кортесах в Мадригале в 1476 г. Короли разрешили создать на определенный срок новую генеральную эрмандаду, в которую вошли Кастилия, Леон и Астурия. Но когда спустя некоторое время представители городов собрались в Дуэньяс, чтобы договориться о форме организации, то весь замысел едва не сорвался из-за отсутствия надлежащей решимости у большинства. Малодушие депутатов было побеждено красноречием Алонсо де Кинтанильи. Эрмандада была организована на трехлетний срок, причем в нее вошли также и сеньоры по инициативе коннетабля Педро Фернандеса де Веласко. Сперва в расходах по организации эрмандады принимали участие как идальго, так и лица податного сословия, но вскоре последние остались в одиночестве. Функции новой эрмандады, установленные грамотой от 27 апреля 1476 г. и решением кортесов, датированным тем же днем (изменения были внесены в декабре 1485 г.), были те же, что и прежних городских союзов. В компетенцию ее в основном входило расследование преступлений, совершенных в ненаселенной местности и в селениях, в которых проживало менее 100 человек; преступлений, совершенных в населенных местах, в случае если преступник не был обнаружен или укрывался в другом месте; случаев разрушения домов; случаев насилия над женщинами и любых мятежных действий против государственной власти. Наказания были по традиции очень суровы, а судоговорение — кратким.
