Но дело не ограничивалось наказанием физическим, поскольку последнее всегда сопровождалось конфискацией имущества, осужденного; кроме того, инквизиция могла накладывать денежные штрафы и требовать возмещения судебных издержек. Конфискованное имущество поступало королю; но так как за счет конфискованных имуществ производилась оплата всех должностных лиц инквизиции, то фактически фонды эти поступали в пользу инквизиционного трибунала. На этой почве происходило немало конфликтов не только между королями и инквизиторами, но и между папами и монархами. На ассамблее инквизиции, собравшейся в Вальядолиде 27 октября 1488 г. под председательством Торкемады, было решено просить королей, чтобы они заботились прежде всего о выплате жалования инквизиторам и иным должностным лицам инквизиции, так как «в прежние времена эти лица не получали своего жалования во время и в соответствии с распоряжением их высочеств а если окажется невозможным исправить положение, то может произойти множество осложнений и нашему святому делу будет нанесен ущерб»; при этом инквизиторы указывали, что, в случае если неоткуда будет изыскать средства для оплаты жалования, они вынуждены будут продать имеющееся в их распоряжении имущество и другие вещи на сумму, которая могла бы обеспечить выплату жалования. Бесспорно, чинились при этом злоупотребления, потому что одной инструкцией, данной в Авиле 25 мая 1488 г., отмечается, что инквизиторам «ради получения жалования не следует налагать штрафов и наказаний больших, чем велит закон». О подобных же злоупотреблениях свидетельствуют письмо капитана Гонсало де Айоры (июль 1507), касающееся действий инквизитора Люсеро, и петиция папе (1507 г.) от епископа Кордовы Хуана де Дасы и от городских властей, в которых речь идет о бесчинствах агентов инквизиции в связи с конфискациями. В первые годы конфискаций было огромное количество. В Кордове в 1501 г. за счет конфискаций было выплачено жалования судьям и ушло на покрытие издержек 33 тыс. мараведи. В 1503 г. эта сумма составила 500 тыс. мараведи. Один документ, относящийся к конфискации имущества архидьякона Кастро, сына обращенного, свидетельствует, что это имущество (кстати весьма значительное) разделили между собой кардинал Карвахаль, инквизитор Люсеро, королевский казначей Моралес и секретарь короля Фердинанда — Хуан Руис де Кальсена. Папы признавали права короля на конфискованное имущество. Папское бреве от 18 февраля 1495 г. устанавливает, что распоряжение имуществом осужденных всецело зависит от королевской воли.
Во владениях Арагона, и особенно в Валенсии, конфискации вызвали осложнения иного свойства. Законом короля Хайме было установлено, что имущество вассалов, приговоренных к смерти за ересь, измену и т. п., переходит к их сеньорам. Инквизиция нарушала этот закон, и в связи с этим духовенство и знать предъявили на кортесах в Ориуэле в 1488 г. и на кортесах 1510 г. петиции королю, жалуясь на действия инквизиторов. Несмотря на обещания, данные королем, меры для пресечения зла приняты не были.
Штрафы сначала взимались непосредственно инквизицией, затем королевской казной и, наконец, снова стали взиматься инквизицией, которая предназначала их на покрытие чрезвычайных расходов.
Потеря имущества при конфискациях не всегда была полной. Если вдова и дети осужденного были бедны, то им назначалось умеренное пособие, и нередко король разрешал им свободно распоряжаться унаследованным от отца имуществом.
Финансы. Усложнение аппарата управления кастильского королевства, расширение его функций и международных связей требовали, во-первых, хорошо организованной финансовой системы с твердо фиксированными доходами и, во-вторых, армии, зависящей от короля и пригодной для ведения войн с народами других стран. Фердинанд и Изабелла стремились обеспечить обе эти предпосылки.