Судопроизводство хотя и основывалось на обычной практике и на «Директориуме» Эймерика[228], но представляло и некоторые особенности, достойные упоминания. Применялась пытка (в соответствии со светским законодательством того времени) как средство добиться признания обвиняемого. После ареста обвиняемого полностью изолировали, запрещая сообщать о нем сведения его семье, которая узнавала о судьбе заключенного только после его освобождения или же в тот момент, когда он появлялся на аутодафе. Такой же тайной было окружена и процедура обвинения: обвиняемому сообщалось только содержание обвинительного заключения, но не имя обвинителя. Не оглашались имена свидетелей, причем принимались меры, чтобы обвиняемый по форме показаний не опознал их. Обвиняемому лишь предоставлялось право перечислить лиц, к показаниям которых он не питает доверия; если названное имя совпадало с именем любого из доносчиков, то трибунал отводил это лицо. Наконец, требовалось сохранение строжайшей тайны в отношении всей судебной процедуры, причем то же требование предъявлялось и отпускаемым на свободу обвиняемым. Свидетели были двух родов: обвинения (
Обвиняемый имел право избрать себе защитника, отвергнуть судей, пристрастного отношения которых он опасался; ему разрешалось обращаться к судьям с заявлениями в письменной форме и апеллировать к папе. Впервые годы существования инквизиции апелляции были весьма многочисленны, что весьма беспокоило Фердинанда и Изабеллу. Совещания между обвиняемым и его защитником должны были обязательно происходить в присутствии члена трибунала. Инквизиция имела собственные тюрьмы; случалось, что вследствие обилия обвиняемых процессы откладывались до бесконечности.
Первоначально юрисдикция инквизиции распространялась только на еретиков и главным образом на обращенных евреев. Вскоре инквизиции стали подсудны и обращенные мусульмане. Но так как те и другие могли иметь сообщниками «старых христиан» или же состоять с ними в родственных отношениях (что имело место в деле епископа Талаверы), да кроме того и христиане могли быть обвиненными в ереси, то инквизиция распространила свою компетенцию решительно на все население страны, привлекая к суду даже некрещеных, хотя и нельзя было рассматривать их как еретиков. Система наказаний, применяемых инквизицией, соответствовала как традициям канонического права, так и нормам светского законодательства.
Меры наказания были следующие: публичное или тайное примирение; епитимии различной строгости; передача под надзор трибунала; постоянное или временное ношение особой одежды — желтой тупики с красным крестом — санбенито; заключение, пожизненное или на определенный срок; сожжение на костре; когда присуждался к сожжению заочно обвиненный, испепелялось на костре его изображение. Если обвиняемый умирал до суда, то инквизиция могла вырыть и сжечь его останки. Специальной привилегией (что явствует из булл 1485 и 1486 гг.) королям Арагона и Кастилии разрешалось применять тайное примирение с церковью как по отношению к привлеченным к суду инквизиции при жизни, так и по отношению к посмертно обвиненным. При процедуре тайного примирения, которой подвергались многие обращенные, должны были присутствовать инквизиторы, которые обязаны были свидетельствовать любые акты «тайного примирения по привилегии».
Не следует смешивать аутодафе с приведением в исполнение приговоров: это были два различных акта. Первый состоял в торжественном объявлении вердикта инквизиции. Обычно в день какого-нибудь религиозного праздника учинялась процессия, в которой принимали участие судьи и чиновники (
