То же происходит и во флоте. Адмирал Кастилии, обладавший значительными правами юрисдикции, утратил свое былое влияние вследствие реформ, проведенных королем и королевой, и изменений в системе управления флота, вызванными открытием Америки. Действительное руководство флотом переходите 1479 г. к
Каталонский флот начал приходить в упадок со времени правления Хуана II, который мало уделял внимания его развитию. Все же в 1506 г. была создана армада под командой Педро де Кардоны, которая была направлена в Неаполь к Фердинанду. В 1515 г. у берегов Берберии действовала другая армада — из 9 галер, одного галеона и еще одного корабля, с помощью которой Луис де Рекесенс разгромил турок. По-прежнему существовало различие между королевской эскадрой и армадой Депутации Каталонии. Указом 1494 г. Фердинанд обязал провинции Каталонию, Валенсию и Майорку держать в боевой готовности по одной галере для защиты побережья от турецких пиратов.