Контингенты коронного войска увеличились еще более после того, как учреждена была «Старая гвардия» (Guardias viejas) в составе 2500 конников и в войско влились новые пополнения — отряд конных лучников, которых в 1502 г. привел из Фландрии Филипп, и наемные дружины, рекрутируемые Фердинандом в Неаполе. Основное изменение в системе набора войск было зафиксировано в грамоте от 22 февраля 1496 г., согласно которой устанавливалось, что военную службу обязан был отбывать каждый двенадцатый мужчина в возрасте от 20 до 40 лет. Рекрутируемые таким образом воины не принимали активного участия в боевых операциях. Они составляли род резерва, призываемого по мере необходимости, причем солдаты этих подразделений получали определенное жалование в период, когда они находились в рядах армии. По-видимому, различные области страны поставляли эти контингенты по особой разверстке, в порядке очередности. Сиснерос принял меры для дальнейшего развития подобной системы комплектования армии, желая довести численность резерва до 40 000, и добился призыва в 1516 г. 30 000 пехотинцев. Значительные трудности вызывало комплектование кавалерии — рода войск, численность которого всегда было нелегко довести в Испании до нужных пределов. Преимущественно в ходе итальянских войн создана была, уже в царствование Карла V, новая система, которая легла в основу организации испанского войска в новое время. Походная жизнь, жажда славы, добычи, почестей, дух тщеславия, всегда пробуждающийся в стране, которая ведет завоевательные войны, — все это способствовало появлению солдат-профессионалов и влекло в армию дворян, искателей приключений и всевозможных честолюбцев, мечтавших о быстрой карьере.
Коренные изменения произошли в военной технике, что оказало влияние и на организацию армии. Фердинанд и Изабелла отказались от старого подразделения войск на неравные по числу бойцов единицы — так называемые баталии (baiallas), в состав которых входили дружины сеньоров, и разделили воинские контингенты на батальоны по 500 солдат, в состав которых в свою очередь входило 10 отрядов — куадрилий. Позже, по инициативе военачальника Гонсало де Айоры (получившего военное образование в Италии) и Гонсало де Кордовы, не только было введено подразделение войска на роты (compahias или capitanias) численностью по 500 бойцов и полки (coronelias или escuadrones) по 12 рот, но и было усовершенствовано вооружение и изменена тактика ведения боевых действий. Опыт, приобретенный в войнах конца XV в. и начала XVI в., и пример чужеземных армий побудили объединить в составе каждого полка различные роды оружия. Пехотным полкам приданы были отряды по 600 конников и 64 пушки. В пехоте имелись наряду с копейщиками и лучниками и мушкетеры; таким образом, в одном и том же подразделении применялось и холодное и огнестрельное оружие.
Артиллерия играла большую роль в войне с Гранадой. Фердинанд и Изабелла пригласили из Италии, Фландрии и Германии инженеров и артиллеристов, которые под руководством Франсиско Рамиреса, или Рамиро, сеньора де Борноса, прозванного «Артиллеристом» (крупного знатока нового оружия и применения пороха в саперном деле), создали хсастильскую артиллерию. Употреблявшиеся тогда орудия назывались ломбардами, пасоболантами, сербатанами, рибадокинами и т. д. Ядра были каменные. Тогда же было организовано санитарное обслуживание войска (на роту полагались лекарь, хирург, аптекарь и помощник, имелись также полевые госпитали) и появилась военная администрация, введению которой армия была в значительной мере обязана Айоре.
Соответственно изменилась и номенклатура командных должностей; старая система, основы которой зафиксированы в «Партидах», была вытеснена новой. Должность коннетабля ехала лишь почетным званием, а его заместители или маршалы, которые еще фигурируют при завоевании Гранады, теперь исчезают окончательно. Королевский знаменосец (alférez) превращается в хранителя знамени (porteestandarte) короля. После реформ Айоры и Кордовы появляются полковники, капитаны (capitanes), командующие подразделениями в 500 человек; командиры рот (cabos de baialla) и десятские — командиры отделений (cabos de diez).
