Все эти захваты в большинстве случаев совершались скорее с целью создания пиратских гнезд, чем с целью приобретения колоний. В рассматриваемый период появилось огромное количество флибустьеров — авантюристов, занимавшихся морским разбоем, которые начали появляться еще во времена Филиппа III. Различные экспедиции, направленные против них, по большей части удачные, не изменяли положения. Испанские колонии продолжали подвергаться нападениям. В 1665 г. дела испанцев еще более усложнились в связи с экспедицией, посланной Кромвелем на Ямайку. Захватив этот остров, англичане превратили его в центр своих операций против испанского флота и испанских портов в Америке.
В Азии и Океании положение было не лучше. Голландцы, хозяйничавшие на побережье Китая, Японии и на острове Тайвань, несколько раз нападали на Манилу, правда, безрезультатно. В 1626 г. испанцы в свою очередь захватили один порт на острове Тайвань, но уже в 1641 г. вынуждены были его оставить. В 1662 г. испанцы покинули Молуккские острова. В 1662 г. были оставлены также острова Холо и Минданао.
Борьба за колонии с внешними, главным образом европейскими, врагами осложнялась в ряде случаев военными и политическими событиями в самих колониях. В Мексике, где и раньше восставали рабы-негры, в 1624 г. против вице-короля было поднято крупное восстание, в котором приняло участие население столицы. Восстание явилось следствием ссор между вице-королем и местным архиепископом. В 1659 г. была предотвращена попытка поднять восстание, имевшее целью отделение Мексики от Испании. После казни вождя восстания Гильермо Ломбардо де Гусмана брожение прекратилось. В 1660 г. против испанцев восстали туземцы Техуантепека. Это вызвало большое беспокойство, но все было улажено мирным путем с помощью епископа Оахаки. В Чили война с арауканцами продолжалась до 1641 г. По условиям мирного договора народ этот признавался независимым и союзным Испании. Договор возобновлялся несколько раз, но тем не менее еще неоднократно происходили стычки, стоившие многих жертв.
На атлантическом побережье колонизации мешали нападения англичан (о чем мы уже говорили) и неожиданные нападения туземных племен, а также постоянная угроза районам, расположенным к северу от Ла-Платы, со стороны португальцев. Тем не менее испанцы предпринимали экспедиции во внутренние районы страны, а также морские экспедиции с целью открытия новых земель и отыскания удобных путей для колонизации. Два францисканских монаха и шестеро солдат в 1636 г. обследовали на лодке реку Мараньон почти по всему ее течению от провинции Кито до порта Курупа, собрав интересные сведения о туземном населении и его землях. Другая экспедиция поднялась по той же реке вплоть до Авилы (в Кихос, 1637–1638 гг.). Капитан Очагавия (1647 г. и сл.) обследовал равнины Касанаре и реку Апуре вплоть до ее слияния с Ориноко. В Центральной Америке экспедиции были совершены Мартином Лобо и Диего Руисом де Кампосом. Последний выяснял возможность пройти Панамский перешеек водным путем. В Тихом океане предпринималось несколько морских путешествий к островам Хуана Фернандеса и вдоль чилийского побережья. В северной части Тихого океана продолжались безрезультатные экспедиции к берегам Калифорнии. Вполне возможно, что делались попытки открыть морской путь между двумя океанами в северной части американского континента. В Парагвае и в области к западу от него были основаны иезуитские колонии.
Детские годы Карла II. Когда умер Филипп IV, его наследнику было всего 4 года. Он был хилым, болезненным ребенком, не подававшим надежд превратиться со временем в сильного человека, способного преодолеть трудности, неизбежные для испанского монарха в те тяжелые для страны годы.
В период детства нового короля регентшей была вдова Филиппа IV королева Мариана Австрийская. При ней находился совет, состоявший из архиепископа толедского, великого инквизитора, председателя королевского совета, вице-канцлера арагонского, маркиза Айтона и графа Пеньяранды. На должность инквизитора королева назначила немецкого иезуита Нитарда, который благодаря своему влиянию на королеву превратился в фактического руководителя испанской внутренней политики. Будучи иностранцем, Нитард, согласно испанским законам, не имел права принимать участие в работах совета. Таким образом, путь, которым он пользовался для проведения своей политики, а также постоянные столкновения с побочным сыном Филиппа IV Хуаном Хосе Австрийским приводили к бесчисленным дворцовым интригам, которые с легкой руки Филиппа III процветали при испанском дворе и были настоящим бичом для государства.