Жуан IV, заключивший в 1654 г. договор с Кромвелем, перезаключил его в 1661 г. с Карлом II. По этому договору Португалия за большие уступки получала полную поддержку со стороны Англии. В год заключения Пиренейского мира португальцы нанесли у Элваша поражение испанским войскам дона Луиса де Аро. В 1661 г. во главе испанских войск был поставлен дон Хуан Австрийский, который повел энергичное наступление, занял Алемтежу и захватил (1663 г.) Эвору и Алкасер де Сал. Однако в том же году — как всегда, из-за полного безденежья он был вынужден сократить свои широкие наступательные действия, тем более, что под Амежалем он был разбит французским маршалом Шомбергом. Воспользовавшись этим, португальцы под командованием способного военачальника графа Кастельмельор не только выиграли несколько сражений, но и освободили Алемтежу и вступили в Эстремадуру.
Победа под Вильявисьоса (1665 г.), одержанная над армией преемника Хуана Австрийского — графа Карасены, окончательно обеспечила независимость Португалии и положила конец войне. В том же году умер Филипп IV. Его наследник в течение некоторого времени вел войну, и даже не без успеха, несмотря на помощь португальцам со стороны Франции. Наконец, 13 февраля 1668 г. испанский король при посредничестве Англии признал фактическое положение дел специальным мирным договором, по которому португальскому королевству возвращались все его старые колонии (за исключением тех, которые были захвачены голландцами, и тех, которые захватили союзники Португалии, воспользовавшись затруднениями последней). Испания получила от Португалии только одну крепость — Сеуту.
Восстания в Италии и Испании. Как и следовало ожидать, восстания в Каталонии и Португалии были не единичными. Причины их коренились в пагубной политике испанских вице-королей в соединении с интригами врагов испанской монархии, не говоря уже о том, что военные неудачи Филиппа IV создавали для них очень благоприятные возможности. В Италии первой восстала Сицилия. Несмотря на то, что как раз в это время в Каталонии полыхало пламя гражданской войны, а в Португалии война начиналась, испанцам очень быстро удалось подавить (1646–1647 гг.) восстание в Сицилии, и оно не вызвало сколько-нибудь серьезных последствий.
Гораздо опаснее было восстание в Неаполе. Поводом к нему послужило возмущение на базаре, вызванное новым налогом на продажу фруктов (апрель 1647 г.). Более глубокой причиной являлась всеобщая ненависть к вице-королю герцогу Аркосу. Вместе с небольшими отрядами испанских войск герцогу пришлось укрыться в замке. Возмущение росло. К восставшим стали примыкать крестьяне. Город был захвачен повстанцами. Во главе восставших стоял рыбак Масапьелло (Томасо Аньелло). Узнав о восстании, французское правительство немедленно отправило в Неаполь свои военные корабли, чтобы оказать поддержку повстанцам, а также с целью уничтожить испанские суда, которые могли оказаться в неаполитанском порту. Но этого сделать не удалось.
В течение трех месяцев повстанцы чувствовали себя полными хозяевами города, пока, наконец, не прибыл с сильным флотом дон Хуан Австрийский. Его эскадра обстреляла город с моря, а солдаты штурмовали баррикады. Но эти меры привели лишь к усилению восстания и к провозглашению Неаполя независимой республикой. Восставшие обратились за покровительством к Франции, которая, как мы видели, ничего другого и не желала. 14 ноября для руководства восстанием прибыл герцог Гиз. В декабре в Неаполь прибыла сильная французская эскадра, но положение не изменилось сколько-нибудь существенно, так как все усилия парализовались ссорами между вождями восстания — Гизом и адмиралом, командовавшим эскадрой. Испанский флот успешно атаковал французские морские суда, которые вынуждены были вернуться во Францию, так и не оказав восставшим какой-либо помощи.
Положение в Неаполе нисколько не улучшилось даже после того, как дон Хуан Австрийский взял все управление в свои руки, отослав герцога Аркоса в Испанию. Все же ему удалось привлечь на свою сторону некоторую часть местной буржуазии. В марте 1648 г. в Неаполь прибыл вместе с подкреплениями новый вице-король — герцог де Оньяте. Его войскам удалось занять траншеи, окружавшие город. К этому времени восстание распространилось на все неаполитанские владения. Поэтому, даже после сдачи столицы, война не прекратилась, но французы вяло поддерживали повстанцев, герцог Гиз попал в плен, а испанцы захватили вскоре те пункты, в которых еще оставались восставшие. Попытки французского флота в июне и в августе 1648 г. поднять боевой дух повстанцев успеха не имели.
На самом Пиренейском полуострове росли сепаратистские настроения, вызванные в некоторой степени примерами Каталонии и Португалии. Основой недовольства служила политика притеснений, проводившаяся в стране уже длительное время, а также всевозможные злоупотребления администрации в области налогов. Дело дошло до того, что в самой столице стали появляться пасквили и сатиры.