С первых же дней вступления на престол Шуйского по всей России начались против него волнения. Волнения поднимались не только против Шуйского, захватившего престол путем обмана, а и против боярского засилия вообще. Поэтому этот период Смутного времени определялся не только династическим, но и общественно-экономическим порядком. Волнения, принявшие характер открытого военного движения, велись главным образом низшими слоями русского населения – крестьянством – и носили характер чисто бунтарский.
Донские казаки, сбросив Годунова и посадив на престол Димитрия, возвратились домой, оставив для охраны царя небольшой отряд с Карелой. Но, как пишет ак. Платонов, не успели казаки вернуться домой, как получили сведения, что царь их убит и властью завладели бояре. Настроение казаков изменилось, и они заняли к новой власти враждебное положение. Однако Шуйский, учитывая значение донских казаков в борьбе против Годунова, не только не раздражал их, но, как покажут дальнейшие события, заискивал перед ними. Поэтому донские казаки в первый момент поднявшегося мятежа против Шуйского участия в нем не принимали.
Восстание против Шуйского, как и против Годунова, началось в северских городах. В Чернигове и Путивле находились ссыльные князья Шаховской и Телятевский. Князь Шаховской, сговорившись с одним из поляков, начал распространять слухи, что Димитрий жив, и даже подыскал личность схожую с ним, некого Молчанова. Собрав народ в Путивле, Шаховской показывал нового претендента и утверждал, что в Москве изменники вместо Димитрия убили какого-то немца, а Димитрий жив, и народ должен восстать на Шуйского. Народ закричал: «Пойдем все на защиту своего царя Димитрия против Шуйского». Между тем Молчанов поехал в Польшу и поселился в Самборе в замке Мнишек, у мачехи Марины.
Расправа в Москве с поляками, задержка послов и свиты Марины и около 500 человек в качестве заложников вызвало сильное раздражение в Польше, и поляки готовились какими угодно средствами отомстить Москве. Но к тому времени в самой Польше происходил общий «рокош». Поднялся мятеж против короля. Король расправился с мятежом, и «рокош» был подавлен, но вмешиваться в новый московский мятеж у короля не было никакого желания.
Центром мятежа против Шуйского становился Путивль, а за ним последовали: Моравок, Новгород-Северский, Стародуб, Ливны, Кромы, Белгород, Оскол и Елец. «В иных городах воевод побили, в других посадили в тюрьмы, а другие сами отложились от Шуйского». Предводителем восстания был избран Истома Пашков, сын боярский. Он стал рассылать грамоты во все города и приглашать всех стать за Димитрия. В Москве тоже начались волнения против Шуйского: на домах некоторых бояр стали появляться надписи, что они предназначены быть убитыми Шуйским. По звону колоколов собирался народ на Красную площадь, неизвестно по чьему велению.
Шуйский для увещания в восставшие города послал митрополита Крутицкого Панфутия, но тот ничего сделать не мог. Тогда Шуйский послал войско под начальством Воротынского Ив. Мих. и была послана грамота от имени инокини Марфы с уверением, что ее сын убит в Угличе. Грамоту эту в Елец повез ее брат, Нагой. Русские люди, наученные многими явными и тайными проделками Годунова и Шуйского и их клевретов, и тут подозревали обман.
Появление нового Димитрия так напугало Шуйского, что он, посылая войска, говорил им, что они идут против немцев, а не мятежников. Обман этот вскрылся при встрече с войсками мятежников.
Новый Лжедмитрий (Молчанов) жил в Самборе. К нему явился Иван Болотников, бывший холоп князя Телятевского. Он мальчиком был взят в плен татарами и продан в Турцию; работал в оковах на галерах, а затем был в числе немцев и венецианцев освобожден и появился в пределах России. Проезжая Польшу, Болотников познакомился с Молчановым, признал его за Димитрия, дважды спасшегося, и был им отправлен в Путивль к Шаховскому. Появление Болотникова в стане восставших дало новый толчок движению. Болотников всех уверял, что он видел Димитрия и что он жив.
Шаховской дал ему отряд в 12 000 человек, Болотников отправился в Кромы и стал действовать именем Димитрия. Движение Болотникова принимало характер революционный, он открыто встал на позицию освобождения крестьян от помещичьей зависимости. Он стал возмущать боярских людей против их владельцев, крестьян против помещиков, подчиненных против начальствующих, безродных против родовитых, бедных против богатых. В городах заволновались посадские люди, в уездах крестьяне. (Костомаров, с. 50.) Холопи разоряли дома своих господ, делили между собой их имущество, мужчин убивали, женщин забирали себе и т. д.
