Шедший приток из пределов московских владений составлял на Дону элемент иногороднего населения, – или же совершенно чуждый, но проникавший внутрь казачьих поселений, или же скоплявшийся на их окраинах. Центральная власть донских казаков с середины XVI века находилась в Нижних Раздорах, а затем в Черкасске. Сюда же ежегодно весной на Круг собиралось все Войско, тут же находилось управление и контроль над всем Войском. Центральное правление не только держало казаков в своем подчинении снизу доверху, но строго охраняло и право в сношениях с Москвой. В 1584 году, когда в грамоте царя было написано «верховым и низовым казакам», то казаки заявили московскому послу: «Прежде сего государь писывал к нам грамоты низовым и верховым, а ныне писано верховым, а после нам низовым, а верхние же казаки государевой службы не знают».
Полнота власти и контроль на всей территории Войска принадлежали атаману и стоявшему при нем старшине. На Дону не могло возникать поселений самочинно, и потому Войско было однородно. Население, не принадлежавшее к Войску, считалось проживающим временно, правами казаков не пользовалось, но находилось под властью атамана и его контролем.
Причем атаманы могли принимать решительные меры не только к отдельным лицам, но и целым станицам, которые, ввиду непокорности, брались «на щит».
Однако этот способ организации власти и управления Войском к середине XVI века явно устарел. Атаманы выбирались на один год общим собранием, а частая их смена, зависимая от масс, не давала власти необходимой устойчивости. Требовались изменения всего казачьего быта, перехода его от быта военных дружин к более сложному социальному и экономическому устройству.
Одной из причин, кроме материальной помощи, тяготения Войска к московскому царю был здравый государственный инстинкт, искавший моральную, а иногда и реальную опору в авторитете московских царей. Последние на протяжении долгого времени не имели права вмешиваться во внутренние дела Войска, но в их руках находились значительные средства для косвенного воздействия на внутреннюю жизнь казаков. Степень этой возможности увеличивалась с усилением Московского государства и усложнения быта донских казаков. Донское Войско умело учитывать соотношение собственных сил с Москвою и ограничивать себя в сношениях с ней. На вызов Бориса Годунова оно выступило против него, как против незаконного царя, но никогда не решалось на открытую борьбу против законных московских царей.
В сношениях с Москвой, с установившейся династией Романовых, казаками стал применяться обычай, свойственный в Москве, – казаки в переписке стали именовать себя «царскими холопями». Войско не приносило присяги царю, но зависимость от Москвы возрастала, и Войско шло к тому положению, в котором оказались днепровские казаки, но постепенно и с менее тяжелыми последствиями.
Переход днепровских казаков под власть московского царя произошел, как с одной, так и другой стороны, под влиянием внешних причин. Казаки, спасаясь от окончательного их разгрома Польшей, искали защиты под властью московского царя. А Москва приняла их, чтобы удержать от перехода под власть Турции и не иметь турецких владений вблизи своих границ. Со стороны московского царя казакам были объявлены их вольности, но предъявлялись требования, как к служилому войску. Отношения определялись установившимся бытом казаков, особенно традициями правящей казачьей среды, которая в подданстве царю видела его поддержку от опасности полного уничтожения в борьбе с Польшей, но нисколько не желала уступить своих привилегий во внутреннем управлении войском. Разногласия с гетманом и войсковым старшиной начались с началом польской войны.
В походах Хмельницкий и другие казачьи атаманы действовали совершенно самостоятельно от московских воевод и не желали подчиняться им. Хмельницкий уверял царя в верности – и искал новых союзников. Он задался широкой целью образования федеративного союза днепровских казаков, слободского населения, Молдавии, Валахии и Трансильвании, но под покровительством польского короля, – и одновременно заключил договор с шведским королем о разделе Польши. После смерти Хмельницкого в 1557 году гетманом стал его сын, совершенно непригодный для этой роли. Среди казаков начались распри, и время это названо временем «страшного вавилонского столпотворения». Казаки отстали от Польши и не пристали к Москве.
