Наступательные действия Польши остановились из-за отсутствия денег. Армия, не получая жалованья, стала разбегаться. Московские войска оставались в Киеве, Севске и Путивле, население Украины было предоставлено само себе. В левобережной части, в Переяславле, дядя Хмелыницкого, казаки, горожане, духовенство клялись, что будут умирать за великого государя, за церковь и веру православную, а городов своих врагу не отдадут. Запорожцы с кошевым Брюховецким тоже были за царя. Прочно за царя держался и нежинский полковник Золотаренко. Серко с частью запорожцев держался в стороне. Но между этими тремя группами началась вражда из-за гетмана. На Раде в Переяславле был избран гетманом Золотаренко, но его не признало Запорожье. Противником Золотаренко был Брюховецкий.
Со всех сторон в Москву шли просьбы о сборе Рады и о присылке воевод с войсками. Но помощь Москвы задерживалась из-за отсутствия войск. Хмельницкий с казаками и поляками, а также с татарами стал угрожать левобережью, которое защищали 10 000 казаков Золотаренко. Московские владения снова стали подвергаться нападению и в январе 1662 года появились у Севска и Карачева, захватили много пленных, но были разбиты Бутурлиным, а их вождь хан Ширинский был взят в плен.
Другая часть татар с ханом подходила к Путивлю, но была отбита. Весной 1662 года была собрана Рада и гетманом был избран Самко. Против него были епископ Мефодий, Золотаренко и Брюховецкий; внутренние распри на Украине не прекратились. Хмельницкий при помощи поляков и татар перешел Днепр и осадил Переяславль, но в конце 1662 года отрекся от гетманства и постригся в монахи, а место его занял Тетеря. В 1663 году в левобережной Украине была собрана Рада и гетманом был избран Брюховецкий, Самко и Золотаренко казаки приговорили к смерти, и они были казнены. Замирения, однако, на Украине не произошло. Польский король Казимир решил занять левобережную Украину и войска его стали переправляться на левый берег Днепра. Против него выступил Брюховецкий и просил царя прислать войска. Серко был посажен с казаками и калмыками в Чигирин.
Тринадцать городов открыли ворота королю. Но в некоторых он встретил сопротивление и, потерпев поражение, отошел в Польшу. Неудача короля не принесла казачьему краю ни мира, ни покоя. Казаки и калмыки под начальством Серко напали на Крым и в 1664 году перешли Буг и Днестр, к ним перешло несколько казачьих полков, состоявших на службе польского короля. Выговский стал вести разговоры о переходе казаков под власть московского царя, но был схвачен польским полковником и как изменник приговорен к смертной казни. Брюховецкий отправился в Москву, выпросил титул боярина, женился на княжне Долгорукой, а его свита была пожалована в дворяне.
На правом побережье Днепра стал выдвигаться Дорошенко и претендовать на власть гетмана обоих берегов. Видя, что ни поляки, ни русские не в состоянии окончательно покорить Украину, он решил поддаться туркам. Тогда в 1667 году между Москвой и Польшей был заключен Андрусовский мир, по которому Украина была разделена Днепром, восточная ее часть вошла во владения Москвы, а западная – Польши, Киев оставался на три года за Москвой.
После разгрома московских войск поляками и татарами под Конотопом и Чудовом Турция решила изгнать казаков с Дона. В 1660 году из Турции к Азову пришло 33 корабля с ратными людьми около 10 000 человек, а из Крыма хан привел до 40 000. В Азове по обе стороны поставили каменные башни и соединили их цепями, – заперев таким образом выход к морю, а крымцы подошли к Черкасску. Донские казаки были в составе московских войск в войнах против Польши, и на Дону оставалось 3000 казаков боевого состава и 7000 московских войск. Крымцы были отбиты от Черкасска, и казаки, с согласия воевод, пошли на Азов.
Поход кончился ничем, и казаки возвратились.
В это время в Московии начался Великий Раскол – патриарх Никон велел исправлять церковные книги и обряды, много меняя в них. В народе поднялось страшное брожение. Правительство применяло к приверженцам старых обрядов самые жестокие меры, и они «потекли», спасая свою веру, в разные части страны, в том числе на Дон. Не принятые казаками в свою среду, они стали селиться на окраинах казачьего края большими поселениями. С 1650 года между речками Иловлей и Качалиной образовался город Рига, из которого голытьба начала делать набеги на Волгу и грабить торговые суда. Царь писал на Дон, чтобы казаки перехватали этих воров и учинили по войсковому праву смертную казнь. Войско царский приказ выполнило, городок был разрушен, скопище разогнали, и, как писали казаки, многих казнили смертною казнью, чтобы другим было неповадно приходить на Дон с таким воровством.
