Распри шли не от казачьих низов, а от «значных» лиц. «Значные» тяготели к Москве, за исключением немногих, стремящихся назад к Польше. Казаки и население разделились на левобережную часть, где господствовали Самко, Брюховецкий, Самойлович и Мазепа, державшиеся московской стороны, и правобережную, где вождями были Выговский, Юрий Хмельницкий, Тетеря, Дорошенко и другие, тяготевшие к Польше. Запорожье стояло на стороне простого народа и казаков и тянулось к Москве. Выговский, занимавший место войскового писаря при Богдане Хмельницком, был назначен опекуном его сына, но фактически управлял войском. В 1557 году Выговский собрал в Чигирине Раду и был избран гетманом. Запорожцами он признан не был, и против его выборов была значительная часть казаков с их полковниками.
Все же выборы оказались победой сторонников Польши. Выговский стал вести подготовку для измены Москве. Сразу после смерти Богдана Хмельницкого Выговский начал вести двойную игру в отношении Москвы. Он просил Москву увеличить на Украине количество московских войск для поддержки против Крыма и Турции, и Москвой на помощь Ромодановскому, стоявшему в Переяславле, был послан с войсками князь Трубецкой. Выговский стал распространять среди казаков слухи, что Москва, усиливая количество войск, решила отнять казачьи вольности и писать казаков в солдаты. Он начал принимать меры против запорожцев, не признававших за ним власть гетмана, и просил позволения Москвы расправиться с ними.
Став гетманом, Выговский стал сноситься с Польшей, а затем с Крымом и Турцией. Польша, стараясь привлечь казаков на свою сторону, обещала им широкие льготы, а Выговскому должность сенатора. Но он видел, что Польша не в состоянии противостоять укрепившейся Москве, и стал вести переговоры с Крымом, отправил хану послов с извещением, что он отказывается от подданства Москвы. В Крыму, как и в Турции, Выговскому не доверяли, но Турция послала в Москву извещение, что она считает казаков свободными от власти московского царя. Против замыслов Выговского были запорожцы и полтавский полковник Пушкарь. Они послали в Москву посольство с полковником Пушкарем с извещением, что Выговский сносится с Польшей, Крымом и Турцией и смущает казаков против царя, уверяя, что царь хочет отнять казачьи вольности и писать казаков в солдаты.
В Москве, однако, к Выговскому имели доверие, и ему удавалось опровергать противников. Он сам доносил на запорожских казаков и просил позволения расправиться с ними. Москва старалась сдерживать враждующие стороны, но время столкновения приближалось. Запорожцы послали 700 казаков на поддержку Пушкаря в Полтаву; Выговский собрал в Переяславле Раду, на которую противники не прибыли. Выговский снова был избран гетманом, после чего собрал войско, присоединил татар и пошел против Пушкаря в Полтаву. Войска Пушкаря и запорожцев были разбиты, Пушкарь убит и Полтава разрушена. После расправы с противниками Выговский ушел в Чигирин и послал в Москву сообщение, что все бунты усмирены, орда отпущена и войска московские с Ромодановским не нужны.
После расправы со своими противниками Выговский вступил в сношения с польским королем и тайно перешел на его сторону. Приняв власть польского короля, Выговский продолжать обманывать царя, пока подойдут польские войска и войска крымского хана. Польша по слабости не могла прийти на помощь, и Выговский в 1658 году, соединившись с татарами, подошел к Киеву, занимавшемуся войсками Шереметьева. Казаки Выговского и татары были отбиты, стали отступать к Переяславлю. Против них выступил Ромодановский, к которому присоединился с частью казаков гетман Безпалый. Но к Выговскому присоединились полковники Канева, Черкасс, Чигирина и Корсуня и выступили против Ромодановского.
Польша, учитывая положение, прервала мирные отношения с Москвой и выступила против нее войной. Московские войска под начальством Долгорукова разбили польские войска под начальством Гонсевского и взяли его в плен. После того Долгорукий оставался в бездеятельности. Ромодановский занял Лохвицы, а его союзник, гетман Безпалый с казаками, – Ромны. В Миргороде стояла московская конница драгун. В феврале 1659 года казаки Выговского, татары и поляки, в количестве 30 000 человек, появились против московских войск и напали на Миргород. Миргородцы перешли на сторону Выговского, ограбили московских драгун и отпустили. Военные действия начались у Конотопа. В июне к Конотопу Выговский подвел татар. Оставив часть их в укрытом месте, с второй частью принял было участие в осаде, но, сняв осаду, стал отступать. Московские воеводы отрядили для преследования конницу. Пожарский, командовавший ею, преследовал отступающих, не обращал внимания на сообщения и на количество бывших перед ним войск.
