Кроме того, Долгоруков указывал царю в числе указанных для уничтожения городков все, которые вновь образованы близ означенных городков, у донских казаков отнять. Петр приказал, чтобы солдатский полк, оставленный в Черкасске, ради многих причин перевести в Азов. Относительно мер против восставших царь приказал казнить только заводчиков, а иных на каторгу, а прочих выслать в старые места, а городки жечь по старому указу. В указанных городках Долгоруков произвел жестокую расправу. Городки были уничтожены, и в них было казнено 7500 человек. Виселицы с повешенными пускались для устрашения казаков вниз по Дону. Несмотря на старание Зерщикова и Долгорукова отнести ответственность за бунт на все донское казачество, действительность показала, что все захваченные пленные оказались беглыми людьми. Всего войска у Булавина было 20 000 человек, и почти все оно состояло из беглецов.
После окончания бунта Войско Донское стало само очищаться от деятелей смуты. Зерщиков был сменен, и на его место избран войсковым атаманом Максим Фролов, сын Фрола Минаева. К концу 1709 года были пойманы главари восстания Никита Голый, Моноцков и отправлены в Москву. Из дознания над ними была установлена деятельность Зерщикова, и он был отправлен в Москву и в числе других казнен на Красной площади.
В то время когда Петр завоевывал Ингрию, Московское государство переживало тяжелый бунт, поднятый на Дону голытьбой. Карл, разгромив польские и саксонские войска, принудил Августа к полной капитуляции. Заключив позорный договор с Карлом, Август скрывал это от русских. Меншиков находился в Польше с частями войск, состоявших из легкой конницы казаков, калмыков, русских и частью поляков. Не зная о заключенном договоре польского короля со шведами, Меншиков в 1706 году под Калишем нанес поражение шведско-польским войскам и, узнав от пленных о заключенном договоре, известил об этом царя. Весной 1707 года Карл из Саксонии двинулся с войсками в Польшу. В это время русские войска находились в Вильне и Варшаве, где находился и сам царь, стараясь поддержать союзную польскую партию.
При начавшемся движении войск Карла в сторону Польши царь приказал стягивать русские войска к своим границам для прикрытия путей от Смоленска на Москву. Общее командование войсками было поручено Шереметьеву. Меншиков назначен был его заместителем. В январе Карл подошел к Гродно и занял его. Потом перешел в Могилев. Петр приказал укреплять Москву. Целью Карла было разгром войск московского царя, свержение его с трона, чтобы на его место возвести польского короля Лещинского. Карлу предстоял выбор пути движения нa Москву, и в этом выборе решающее влияние оказал малороссийский гетман Мазепа. Он обнадежил Карла, что казаки и татары готовы с ним соединиться против России. К этому времени Мазепа сообщил свои планы верховному визирю и просил его со своей стороны содействовать их осуществлению. Визирь приказал крымскому хану Каплан-Гирею оказывать Мазепе всяческое содействие, когда Карл вступит на Украину.
Карл двинулся на Украину для соединения с Мазепой. На пути его русские войска оказывали сопротивление и, уклоняясь от решительных сражений, ограничивались частичными боями. Из Риги для соединения с Карлом двигался с припасами для армии генерал Левенгаупт. Петр собрал военный совет, на котором было решено нанести поражение отряду Левенгаупта. С этой целью для следования за войсками Карла были направлены главные силы с Шереметьевым, а сам Петр с Меншиковым, легкой конницей и посаженными на лошадей пехотными полками двинулся навстречу Левенгаупту. Встреча войск произошла у деревни Лесной. После дневного сражения войска обеих сторон остались на своих позициях. Петр позади своих войск расставил казаков и калмыков и приказал им рубить всякого, кто побежит назад, даже если это был бы и сам царь. На следующий день бой начался в час дня, и к 7 часам противник был разбит и начал отступление. За отступавшими были посланы с частями Меншиков и Клюк. Отступавшие части противника были настигнуты, и было захвачено 2 000 телег и фургонов. Весь отряд Левенгаупта был уничтожен. Левенгаупт с небольшой свитой спасся и прибыл к Карлу без войск и транспорта. При Лесной русских было 14 000, шведов – 16 000 бойцов.
Карл, лишившись средств, ожидавшихся из Швеции, надеялся получить их при содействии Мазепы на Украине. Карл подошел к границам России и стал рассылать «прелестные» письма. Одновременно Мазепа стал рассылать универсалы, призывая народ при движении шведов прятать хлеб, припасы, продовольствие; духовенство – церковное имущество. Этой мерой Мазепа надеялся лучшим образом, до подхода шведов, спасти для них продовольствие и фураж. Полковники Искра и Кочубей отправили Петру донесение об измене Мазепы, но царь настолько доверял гетману, что выдал ему обоих полковников, которые были казнены на площади жестокой и мучительной казнью.
