На первом этапе своей деятельности Советское государство встретилось с большими трудностями. Предстояло сломать старую государственную машину и построить новую, восстановить разрушенное народное хозяйство, вести борьбу с внутренними и внешними врагами Советской власти. В связи с началом гражданской войны Коммунистическая партия и Советское правительство мобилизовали все силы на разгром белогвардейщины и иностранной интервенции. Созданный в июле 1918 г. Наркомздрав РСФСР возглавил медицинскую службу страны. Верный ленинец нарком Н. А. Семашко и его ближайшие помощники заложили тогда основы новой системы советского здравоохранения. В поле деятельности Наркомздрава РСФСР были и вопросы организации научных исследований, привлечения старых специалистов-ученых на сторону Советского государства. Как известно, без колебаний перешли на сторону Советской власти крупнейшие ученые-медики Н. Н. Бурденко, В. М. Бехтерев, В. Н. Тонков, Л. А. Тарасевич, Н. Ф. Гамалея, М. П. Кончаловский, Д. К. Заболотный, Е. Н. Павловский, Т. П. Краснобаев, А. Н. Сысин и многие другие. Наркомздрав РСФСР сумел привлечь опытные научные кадры к научной деятельности. 18 июля 1918 г. был создан Ученый медицинской совет при Наркомздраве РСФСР, в состав которого вошли видные ученые страны. Ряд ученых включились в разработку проблем, связанных с ликвидацией эпидемий (Е. Н. Павловский, Д. К. Заболотный, Н. Ф. Гамалея, Д. Д. Плетнев и др.). Для реализации известного ленинского декрета «Об обязательном оспопрививании» (10 апреля 1919 г.) Н. Ф. Гамалея разработал ускоренный метод получения оспенного детрита. Н. А. Семашко привлекал многих ученых с целью выработки научного подхода при выполнении многих ленинских декретов в области здравоохранения.
Материально-техническая база советской медицинской науки стала создаваться вскоре после победы Великого Октября. За первые 10 лет Советской власти было организовано 40 научно-исследовательских институтов. К числу вновь открытых институтов следует отнести: Институт микробиологии и эпидемиологии (более позднее название «Микроб») в Саратове (1918), Бактериологический институт в Тифлисе (1918), Институт инфекционных болезней им. И. И. Мечникова (1919), Государственный венерологический институт (1921), Институт охраны материнства и младенчества (1922), Институт профессиональных заболеваний (1923), Институт переливании крови (1926), Институт по изучению мозга (1927) и др. в Москве.
По инициативе Наркомздрава РСФСР в 1920 г. было создано объединение научно-исследовательских институтов, получившее название Государственный институт народного здравоохранения (ГИНЗ). В его состав входили: Санитарно-гигиенический институт (дир. П. Н. Диатроптоп), Тропический институт (дир. Е. И. Марциновский), Институт контроля вакцин и сывороток (дир. Л. А. Тарасевич), Институт физиологии питания (дир. М. Н. Шатерников) и др. За первые 10 лет деятельности ГИНЗ выполнил важную научную программу. Учеными за те годы было опубликовано 1000 научных работ. В 30-х годах ГИНЗ прекратил свое существование, так как входившие в его состав научные институты стали самостоятельными. Важную роль в развитии советской медицинской науки сыграл Институт экспериментальной медицины, созданный в дореволюционный период. Постановлением СНК СССР от 15 октября 1932 г. Институт экспериментальной медицины реорганизован во Всесоюзный институт экспериментальной медицины (ВИЭМ). В новом постановлении Совнаркома СССР «О работе Всесоюзного института экспериментальной медицины им. А. М. Горького» (15 июля 1936 г.) было предложено направить научно-исследовательскую работу института на разрешение важнейших практических задач, проблем в области новых методов лечения и профилактики. С этой целью решено было развернуть в Москве клиническую базу на 350-400 коек.
Коммунистическая партия придавала огромное значение марксистско-ленинскому воспитанию преподавателей и студентов. Еще в 20-х годах существовала практика посылки на учебу в Институт Красной профессуры коммунистов из числа врачей-выпускников. В 1927 г. в СССР введена аспирантура, с помощью которой шло более быстрое пополнение кадров ученых. В специальном Постановлении ЦК ВКП(б) «О медицинских кадрах» (1 июня 1931 г.) предлагалось увеличить контингент аспирантов на 1932 г. вдвое, а также предложено Наркомздраву разработать мероприятия по повышению педагогической квалификации и марксистско-ленинскому воспитанию преподавателей.
