Однако Иннокентий IV (1243–1254) не принес императорской партии большой радости: став папой, он продолжил политику Иннокентия III и Григория IX. В 1244 г. он неожиданно бежал во Францию. И в 1245 г. созвал Вселенский собор в Лионе. Папа жил в лионском монастыре Сен-Жюст, заседания собора проходили в лионском кафедральном храме. Основным вопросом, которым занимался собор, был судебный процесс над императором Священной Римской империи, закончившийся 17 июля 1245 г. преданием Фридриха II анафеме и лишением его престола. Посещаемость заседаний была неважной, тем не менее собор принял еще 22 решения: в частности, о переговорах с восточной церковью на предмет воссоединения, а также об организации Крестового похода против татар. (Заслуживает упоминания еще одна деталь: собор решил, что новым кардиналам папа может подарить шапку красного цвета.)
После закрытия Лионского собора папа занялся мобилизацией всех своих сторонников на борьбу против императора. В 1246 г. в Германии против Фридриха были избраны один за другим целых два антикороля. В Италии происходили новые и новые столкновения между гвельфами и гибеллинами. Сохранить трон Фридриху все же удалось, но в 1250 г., перед решающей стычкой, он неожиданно умер. Последнюю исповедь у лежащего на смертном одре императора, отлученного от церкви, принял в Апулии архиепископ Палермский.
Главной целью папы, вернувшегося в 1251 г. в Италию, было полное вытеснение из Южной Италии германского присутствия. После смерти императора Фридриха II Германия и Италия погрузились в пучину феодальной анархии. Имперская власть даже внутри империи быстро слабела и сходила на нет; в Италии же германское владычество рухнуло едва ли не мгновенно. Таким образом, Италия и папа вышли из зоны германского доминирования; власть на Апеннинах перешла отчасти к папе, отчасти к формирующимся городам-государствам и, наконец, в руки сицилианского и неаполитанского королей.
Последний император из династии Гогенштауфенов, Конрад IV, умер в 1254 г., в разгар подготовки к итальянскому походу. Его малолетнего сына немцы не захотели признавать королем. В период «великого междуцарствия» (1254–1273) в Священной Римской империи не было общепризнанного главы: тут кипели свары и стычки королей и антикоролей. Священная Римская империя распадалась на множество самостоятельных княжеств, имперская власть таяла на глазах. И важную роль в этом играла политика Святого престола. Свой авторитет папы использовали для того, чтобы, любыми средствами подрывая имперскую власть, усиливать тенденции партикуляризма. Все это вытекало из той основополагающей концепции, согласно которой допустить объединение Италии под эгидой императора нельзя ни в коем случае, так как единая в политическом плане Италия означала бы конец самостоятельности Церковного государства – властной базы папства. С падением Гогенштауфенов фактор германского влияния в Центральной и Южной Италии перестал действовать, но данная победа папства оказалась пирровой победой. Вместо одного-единственного императора папству теперь противостояло множество феодальных государственных образований, среди которых самым сильным было Французское королевство. В этих государствах к XIV в. сформировалась сословная система и укрепилась сословная монархия.
Уже в конце XIII в. внимание пап не ограничивалось пределами Италии. Рим с явным благожелательством относился к деятельности Тевтонского рыцарского ордена, обосновавшегося в Пруссии, и к его экспансионистским походам на Восток. В то же время свары между храмовниками и госпитальерами, а еще в большей мере национально-освободительные движения балканских народов привели к тому, что византийский император, заключивший союз с Генуей против Венеции, в 1261 г. восстановил свою власть на территории Латинской империи. Папы не удержались, чтобы не вмешаться и не выразить свое мнение и в дискуссии о понимании бедности, – дискуссия эта шла внутри церкви (прежде всего в Парижском университете), и папство заняло позицию на стороне нищенствующих орденов. За расхождением во мнениях стояли, конечно же, противоречия между богатым мирским духовенством и нищенствующими монашескими конгрегациями.