Продолжателем жесткой политики Иннокентия III можно считать его племянника, папу Григория IX (1227–1241), который стал таким же непримиримым противником Фридриха II, каким в свое время был папа Александр III по отношению к Фридриху Барбароссе. В 1206 г. Иннокентий сделал своего племянника кардиналом-епископом Остии и Веллетри; в момент избрания папой Григорию IX было уже 80 лет. Однако старец этот, избрание которого в папы рассматривалось как некоторое временное решение, еще 14 лет стоял во главе церкви. Он скончался в возрасте 94 лет и до сих пор остается «чемпионом» среди пап-долгожителей. Рост числа очень пожилых высших иерархов связан был не только с ростом средней продолжительности жизни человека, но и с политическими противоречиями внутри Курии: престарелый папа, как все считали, не может занимать престол слишком долго, так что для многих он был удобен как компромиссная фигура. Однако Григорий IX преподнес кардиналам «неприятный сюрприз»: он не только долго жил, но и осуществлял активную самостоятельную политику. Опираясь на нищенствующие ордены, он стремился проводить в жизнь идеи папы Григория VII. Тесная дружба связывала его со святым Франциском Ассизским и с орденом миноритов. А в 1227 г. он, не считаясь с протестами мирского духовенства, предоставил доминиканцам привилегированное право проповедовать в любом месте, где они посчитают нужным. Свои властные претензии он подкрепил солидной правовой базой. Связанный с его именем сборник декреталий (Liber Extra) вплоть до 1918 г., до появления Corpus Iuris Canonici, служил основой для любого свода церковных законов.
Конфликт между папой, вернувшимся к концепции своих великих предшественников, и императором обострился вполне закономерно. Когда Григорий IX пришел к мнению, что Фридрих II саботирует подготовку к Крестовому походу, он просто отлучил его от церкви (1227). В конце концов свое обещание Фридрих все же сдержал. Правда, поход этот (1228–1229) получился довольно странным: в 1229 г. крестоносцы вступили в Иерусалим, но добился этого Фридрих не военной силой, а скорее дипломатической ловкостью. Причудливая гримаса истории: христианский император, освободитель Святой земли, был отлучен от церкви, поэтому патриарх Иерусалима наложил интердикт (церковный запрет) и на саму Святую землю. (В соответствии с канонами место, где находится властитель, отлученный от церкви, тоже подпадает под интердикт.)
Уже в самом начале похода выяснилось, почему папа так настаивал, чтобы Фридрих куда-нибудь – хоть в Крестовый поход – убыл из Италии: как только император покинул Сицилию, папа собрал войско и вторгся на неаполитанскую территорию. Кроме того, он вновь заключил союз с Ломбардской лигой против императора. Фридрих, однако, неожиданно объявился в Италии и с помощью своей прекрасно организованной армии выбил папские войска из Неаполя, а затем одержал победу и над ломбардскими союзниками папы. В 1230 г. в Ананьи папа и император подписали мирное соглашение. Папа вынужден был признать власть Фридриха II над югом Италии, император же гарантировал суверенитет Папского государства. Правда, в последующем ни одна сторона условий договора не соблюдала. Фридрих постоянно предпринимал попытки восстановить доминирующую позицию своих предшественников по отношению к Риму, Григорий же вновь и вновь – причем успешно – раздувал среди немецких князей и феодалов мятежные настроения против Фридриха, живущего то в Палермо, то в Неаполе.
Из-за повторяющихся раз за разом попыток Фридриха II вторгнуться в Папское государство Григорий IX в 1239 г. повторно отлучил императора от церкви. Это стало началом последнего столкновения между папами и Гогенштауфенами. В ответ на анафему Фридрих оккупировал Папское государство. Григорий IX решил привлечь императора к суду Вселенского собора; очередной Латеранский собор был назначен на Пасху 1241 г. Однако император силой задержал и заключил в тюрьму иерархов, направлявшихся в Рим. Папа был бессилен что-либо предпринять, от идеи собора ему пришлось отказаться.
