В VI веке предстоятели наиболее древних христианских Церквей, в том числе Константинопольской, начинают именоваться патриархами. К этому же периоду относится развитие в византийском богословии идеи «пентархии», в соответствии с которой Вселенская Церковь возглавляется пятью патриархами — Римским, Константинопольским, Александрийским, Антиохийским и Иерусалимским. На Востоке данная идея была законодательно закреплена императором Юстинианом, однако на Западе ее легитимность никогда не признавалась.
Экклезиология на Востоке и Западе в течение всего первого тысячелетия развивалась разными путями. На Востоке каждый епископ со времен Игнатия Богоносца и Ипполита Римского воспринимался как занимающий место Христа в евхаристическом собрании: по словам Игнатия, «епископ председательствует на месте Бога, пресвитеры занимают место собора апостолов, а диаконам вверено служение Иисуса Христа». На Западе же уже Киприан Карфагенский начал развивать идею епископского престола не как «места Бога», но как кафедры апостола Петра. у Киприана «эсхатологический образ апостолов, сидящих вокруг Христа, — образ, который Игнатий и Ипполит применяли к местной Церкви (епископ в окружении пресвитериума), — уступил место апостольской коллегии, собранной вокруг ее главы, апостола Петра… Значение этой перемены состоит в том, что она открывает возможность говорить об unus episcopatus (едином епископате), рассеянном по миру, под главенством Петра». Именно такая универсалистская экклезиология восторжествовала в Римской Церкви к концу первого тысячелетия, что способствовало углублению отчуждения между ней и Восточными Церквами.
В VII веке окраинные области Византийской империи подверглись опустошительным набегам арабов. В 638 году под их натиском пали Иерусалим и Антиохия, в 642-м — Александрия. Это привело к ослаблению трех древних восточных Патриархатов, предстоятелям которых нередко приходилось искать убежище в Константинополе. С середины VII по середину XV века, за исключением периода, когда Константинополь был захвачен крестоносцами (1204–1261), Константинопольский Патриархат оставался главным центром церковной власти на всем христианском Востоке. После разрыва евхаристического общения между Римом и Константинополем первенство чести среди предстоятелей Восточных Церквей как бы автоматически перешло к Константинопольскому патриарху. Теперь пентархия превратилась в тетрархию, и диптих Православных Церквей включал четыре Патриархата — Константинопольский, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский.
Православные восточные Патриархаты имели автокефальный статус, то есть в церковно-административном отношении были самостоятельными и независимыми один от другого. Помимо этих Патриархатов, в период между IV и XV веками на православном Востоке, в частности на Балканах, возникают, исчезают и вновь возникают другие автокефальные христианские Церкви. С середины XV века фактически самостоятельной становится Церковь Московской Руси, в течение нескольких предшествовавших столетий находившаяся в канонической зависимости от Константинополя.
После падения Константинополя в 1453 году, когда Византийская империя прекратила свое существование, Константинопольские патриархи стали назначаться турецким султаном. Духовно-политический альянс между султаном и патриархом был причиной упразднения церковной автокефалии в тех землях, которые в результате завоеваний входили в состав Османской империи. С другой стороны, вполне закономерно, что ослабление Османской империи в XIX веке и возникновение новых государств на территориях, освободившихся от турецкого владычества, привело к возникновению новых автокефальных Церквей, а также к восстановлению автокефалии тех Церквей, которые по тем или иным причинам ее утратили.
Процесс образования автокефальных Православных Церквей никогда не был легким и безболезненным. Единой, апробированной всем мировым Православием процедуры дарования или получения автокефалии не существовало ни в византийскую, ни в послевизантийскую эпоху. Церковная автокефалия почти всегда была следствием усиления политического могущества того или иного государства или обретения этим государством независимости. Упразднение автокефалии, в свою очередь, было прямым следствием утраты самостоятельности тем государством, на территории которого находилась Поместная Церковь.
