В 1937 году, в разгар сталинских репрессий, состоялась всесоюзная перепись населения, по результатам которой население страны составило 162 миллиона человек. В 1934 году в стране насчитывалось 168 миллионов человек, и предполагалось, что к 1937 году численность населения будет равняться 170–172 миллионам. Разница в 10 миллионов между ожидавшимися и реальными цифрами была прямым следствием коллективизации, раскулачивания, бегства крестьян из деревни, голода 1933 года, а также массовых репрессий, приведших к гибели миллионов людей и вызвавших демографическую катастрофу. Ознакомившись с данными переписи, Сталин обвинил ее устроителей в «недоучете», они были репрессированы, а результаты переписи засекречены. В 1939 году была произведена новая перепись, которая дала искомый результат: 170 миллионов. Негодование коммунистических властей результатами переписи 1937 года было вызвано не только «недоучетом» населения, но и тем фактом, что в графе «религия» 55,3 миллиона человек, то есть 56,7 % лиц от 16 лет и старше, назвали себя верующими (лица моложе 16 лет не заполняли эту графу). Таким образом, несмотря на массовые гонения на духовенство и верующих, закрытие и разрушение храмов и монастырей, несмотря на угрозу расстрела или репрессий, висевшую над любым человеком, открыто исповедовавшим веру в Бога, и над его семьей, более половины взрослого населения страны в 1937 году заявило о своей религиозности.
В результате беспрецедентных по своим масштабам гонений 1930-х годов Церковь в СССР была почти полностью разгромлена. К 1939 году на всей территории страны оставалось лишь около 100 действующих храмов, ни одного монастыря, ни одного церковного учебного заведения и лишь четыре правящих архиерея: митрополит Московский Сергий, митрополит Ленинградский Алексий (Симанский), архиепископ Петергофский Николай (Ярушевич), управлявший Новгородской и Псковской епархиями, и архиепископ Дмитровский Сергий (Воскресенский). Еще несколько архиереев служили настоятелями храмов.
На Украине оставалось лишь 3 % от дореволюционного числа храмов.
Положение Церкви стало меняться перед началом Второй мировой войны. В 1939 году в результате пакта Молотова-Риббентропа к СССР были присоединены Западная Украина и Западная Белоруссия, а в 1940 году — Бессарабия, Северная Буковина и Прибалтика. В результате резко возросло число приходов Русской Православной Церкви. К началу Великой Отечественной войны она имела 3021 храм и 88 монастырей.
Когда 22 июня 1941 года гитлеровские войска напали на Советский Союз, митрополит Сергий выступил с обращением к народу. Патриотическая позиция Церкви не осталась незамеченной, и уже в 1942 году гонения на Церковь значительно ослабли. По ходатайству митрополита Сергия некоторые архиереи были возвращены из ссылок и назначены на кафедры. Состоялись хиротонии новых архиереев. Однако переломным моментом в судьбе Церкви стала встреча И. В. Сталина с митрополитами Сергием (Страгородским), Алексием (Симанским) и Николаем (Ярушевичем), состоявшаяся 4 сентября 1943 года по инициативе диктатора. В ходе встречи был поставлен целый ряд вопросов: о необходимости созыва Архиерейского Собора для избрания патриарха и Синода, об открытии духовных учебных заведений, об издании церковного журнала, об освобождении архиереев, находившихся в заключении и ссылке (последний вопрос поставил митрополит Алексий). На все вопросы Сталин дал положительный ответ. Московской Патриархии был предоставлен особняк в Чистом переулке, где она располагается и поныне.
Спустя четыре дня после этой встречи, 8 сентября, в Москве состоялся Архиерейский Собор, в котором приняли участие 19 архиереев. Собор избрал митрополита Сергия патриархом и образовал при нем Священный Синод из трех постоянных и трех временных членов. Интронизация новоизбранного патриарха состоялась в Богоявленском соборе 12 сентября. 8 октября был образован Совет по делам Русской Православной Церкви при Совнаркоме СССР под председательством Г. Г. Карпова. Этому органу советское правительство поручило осуществлять контакт с Церковью и контроль над ней.
