Период с сентября 1943 года вплоть до начала «хрущевских гонений» в конце 1950-х годов был для Русской Православной Церкви временем частичного восстановления того, что было разрушено и уничтожено в годы сталинского террора. Государство сохраняло свой атеистический характер, и Церковь оставалась в значительной степени вне общественной жизни. Однако открытые гонения были временно прекращены. Многие православные приходы возобновили свою деятельность на оккупированных немцами территориях, но после того как Красная Армия изгоняла оттуда немцев, эти приходы уже не закрывались.
4 мая 1944 года умер Святейший Патриарх Сергий, местоблюстителем патриаршего престола стал митрополит Алексий (Симанский). К осени 1944 года на архиерейских кафедрах было уже около 50 архиереев. 21–23 ноября в здании Патриархии в Чистом переулке состоялся Архиерейский Собор с участием 50 архиереев, а 31 января в московском храме Воскресения Христова в Сокольниках открылся Поместный Собор в составе 46 архиереев, 87 клириков и 38 мирян. Поместный Собор избрал патриархом митрополита Алексия и принял
В 1946 году Русская Православная Церковь расширилась за счет присоединения украинских греко-католиков к Православной Церкви. Решение о воссоединении было принято 8–9 марта 1946 года на Львовском Соборе, в котором приняло участие 204 греко-католических священника и 12 мирян. В результате воссоединения более 3 тысяч униатских церквей стали православными. Так были, по сути, ликвидированы последствия Брестской унии, тяготевшей над Украиной на протяжении четырех с половиной столетий. Однако процесс воссоединения проходил при активной поддержке государственной власти, которая после Львовского Собора сняла с регистрации греко-католические приходы, не вошедшие в состав Русской Православной Церкви, и подвергла жестоким репрессиям униатское духовенство. В этих репрессиях не было вины Русской Православной Церкви, которая сама только начинала возрождаться из пепла. По словам протоиерея Владислава Цыпина, «сама подвергшаяся несравненно более страшным ударам в 20–30-х годах, Русская Православная Церковь ни о какой помощи со стороны НКВД в святом деле воссоединения униатов с Матерью-Церковью не ходатайствовала. И то обстоятельство, что это воссоединение соответствовало видам государственной политики, не могло и не должно было удерживать Православную Церковь от того, чтобы принять возвращающихся в свою спасительную ограду».
В послевоенные годы продолжался численный рост Русской Православной Церкви: на 1 января 1949 года епископат насчитывал 73 архиерея, число действующих храмов достигло 14 477, монастырей — 75, действовали 2 духовные академии и 8 семинарий.
После смерти Сталина 5 марта 1953 года на свободу были выпущены многие узники совести, в том числе священнослужители. Однако уже в 1958 году началась новая кампания против Церкви, инициированная Н. С. Хрущевым, пообещавшим за двадцать лет построить коммунизм, а в 1980 году показать по телевизору «последнего попа». В соответствии с новой установкой на искоренение религии возобновилось массовое закрытие храмов и монастырей, была значительно усилена антирелигиозная пропаганда. В период между 1961 и 1964 годами 1234 человека были осуждены по религиозным мотивам и приговорены к тюремному заключению или ссылке. К началу 1966 года у Русской Православной Церкви осталось 7523 храма, 16 монастырей, 2 духовных академии и 3 семинарии. Число клириков по сравнению с 1948 годом сократилось вдвое. При этом храмы распределялись по территории страны неравномерно: в областях, не входивших в состав СССР до 1939 года, их было значительно больше, чем в других местах. В некоторых городах с населением в несколько сот тысяч человек могли действовать лишь один или два храма.
