Затем царь предложил собору «своея руки писание» — те самые вопросы, касавшиеся важнейших сторон церковной жизни. Часто высказывалось возражение, что Иван был слишком молод, чтобы самостоятельно составить их, между тем как автор вопросов выказывает глубокое знание церковной жизни, и потому авторство их следует приписать митрополиту Макарию, либо Сильвестру, либо всей «избранной раде». Но во-первых, Иван был чрезвычайно начитанный человек, и начитанный именно в духовной литературе; во-вторых, в своих далеких богомольных поездках он имел возможность ознакомиться с самыми разными сторонами церковной и монастырской жизни; в-третьих, двадцать один год — возраст далеко не младенческий; в-четвертых, в Иване никогда — ни до, ни после — не замечалась склонность читать с листа чужие мысли. Конечно, митрополит Макарий и другие сведущие люди могли принять участие в составлении вопросов, и они, без сомнения, не оставили своими советами молодого царя; однако видеть в вопросах Стоглава всего лишь диктант, записанный рукою Ивана, нет оснований.
Вопросы собору были зачитаны вслух. Затем царь призвал не только духовенство, но и бояр, князей, воинов и всех православных христиан покаяться вместе с ним и обратиться на путь добродетели, указывая на примеры, древние и современные, страшных казней Божиих за грехи и дела неправедные. Вся его речь была выдержана в духе крайнего смирения. Со слезами вспомнил он о смерти отца и матери, о своевольстве и злоупотреблениях бояр, правивших царством в его малолетство, о своем сиротстве и отрочестве, проведенном в пренебрежении, безо всякого научения и в пороках, о казнях Божиих, постигших Россию за беззакония, — в особенности о великом московском пожаре…
— Тогда страх вошел в мою душу и трепет в кости, — говорил Иван, — и смирился дух мой, и я умилился и познал мои прегрешения, и прибег ко Святой Церкви, и испросил у вас, святители, благословения и прощения моих злых дел, а по вашему благословению преподал прощение и моим боярам в их грехах против меня и начал, по вашему благому совету, устроять и управлять врученное мне Богом царство.
По отношению к церковному управлению царь предложил исправить порядок, схожий с управлением наместников и волостелей в земщине. В епархиях был учрежден суд из выборных священников, на который допускались и земские старосты, и целовальники; избираемые из священников старосты следили за церковным благочинием и за исполнением духовенством своих обязанностей, они же собирали и доставляли к владыке все установленные сборы и пошлины.
Собор осудил и запретил языческие суеверия, принял меры к обузданию тщеславия и пустосвятства, воспретив мирянам ставить без нужды новые церкви, а бродягам-тунеядцам — келии в лесах и пустынях, — и меры к исправлению нравов, отменив, например, обычай совместного мытья в бане мужчин и женщин, монахов и монахинь. Был поставлен предел увеличению церковных вотчин: теперь без воли государя церковные власти не могли покупать земли, а служилые люди не имели права отдавать монастырям свои поместья в виде вкладов по душе; все вотчины, отданные боярами в монастыри по смерти Василия III, велено было отобрать обратно в казну. Собор установил особый налог для выкупа русских людей, попадавших в плен к татарам: эта повинность касалась всех без исключения, как общая христианская милостыня.
Не осталось без внимания книжное дело. Большинство книг на Руси были переводными — переводили с греческого и латинского языков, много раз переписывали древние тексты. И то и другое исполнялось плохо: переводы были неточными, при переписке в тексты вкрадывались ошибки и поддельные вставки. Более того, поскольку все книжное и письменное относили тогда к церковной области, так называемые отреченные книги (апокрифы и другие) чтились наравне с каноническими книгами, и Святым Отцам приписывалось то, чего они никогда не писали. Стоглав установил нечто вроде духовной цензуры, поручив ее выборным церковным старостам и десятским. Книжная справа взялась ими под надзор; переписанные книги должны были получить их одобрение, они же могли изъять из обращения и продажи книги неисправленные.
Собор приложил усилия к распространению просвещения и грамотности. К тому времени на Руси остались лишь смутные воспоминания, что некогда, при князьях Владимире Святом и Ярославе Мудром, на Руси существовали училища, которые впоследствии исчезли. Чтобы повысить грамотность духовенства, собор постановил вновь завести постоянно действующие училища и назначил избранных духовных лиц, которые обязаны были открыть их в своих домах; мирянам рекомендовалось отдавать своих детей в эти училища для обучения грамоте, письму и церковному пению.