1) по изучению распределения силы тяжести в России (председатель И. И. Стебницкий); 2) по земному магнетизму (председатель А. А. Тилло); 3) по обсуждению вопроса о достижении северного полюса (председатель П. П. Семенов); 4) по обсуждению проекта экспедиции по исследованию Мраморного моря (председатель И. В. Мушкетов); 5) по вопросу изучения солонцов в России (председатель И. В. Мушкетов); 6) по выработке плана географических исследований Петербурга и его окрестностей (председатель А. А. Тилло); 7) по исследованию Череменецкого озера в Лужском уезде (председатель А. А. Тилло); 8) по-организации наблюдений над вскрытием и замерзанием рек в приморских городах (председатель А. А. Тилло) и др.
Большую работу проводил в эти годы И. В. Мушкетов в Географическом обществе по организации научных экспедиций, составлению и обсуждению программ их деятельности. Им были составлены программы: в 1886 г. для экспедиции на Хан-Тенгри — И. В. Игнатьеву;
В 1888 г. для Тибетской экспедиции — К. И. Богдановичу; в 1890 г. для Черноморской экспедиции — Н. И. Андрусову, для экспедиции на Северные Увалы — Л. И. Лутугину и для исследования ледников на Кавказе — И. Н. Кузнецову; в 1892 г. для экспедиции на восточную окраину нагорной Азии — В. А. Обручеву; в 1894 г. для экспедиции по изучению Мраморного моря — Н. И. Андрусову, и др. Активно содействовал И. В. Мушкетов организации географической экспедиции Б. Л. Громбчевского в хребет Каракорум (1886 г.); геологическим исследованиями Я. А. Макерова в Саянском хребте (1887, 1888 гг.); Н. И. Андрусова в Предкавказье (1889 г.); геоботаническим изысканиям А. Н. Краснова на Хан-Тенгри (1886 г.) и в Сванетии (1890 г.); Н. И. Кузнецова на Урале (1887 г.) и на Кавказе (1888 — 1890 гг); В. А. Фаусека в Предкавказье (1886 г.) и на Белом море (1899 г.); зоогеографическим работам А. Н. Россикова на Кавказе (1888 г. и др.); изучению пещер Крымских гор Ю. А. Листовым (1887, 1888 гг.) и др. Программы всех этих исследований обсуждались и принимались на заседаниях отделений и выносились И. В. Мушкетовым на утверждение Совета Общества, где окончательно определялись и необходимые для них денежные средства.
К. И. Богданович, В. А. Обручев, Н. И. Андрусов направляли И. В. Мушкетову письма из экспедиций с результатами своих исследований, о которых он докладывал на заседаниях отделений и публиковал частично в Известиях Географического общества, издательской деятельности которого уделял много внимания. Будучи членом Редакционного комитета Общества, он участвовал в координации и руководстве всеми его изданиями, в то время довольно обширными («Отчет общества. . .», «Известия. . .», «Записки... по общей географии», «Записки. . . по этнографии», «Записки. . . по статистике», Труды различных экспедиций и др.).
Как председатель Отделения физической географии И. В. Мушкетов обязан был знакомиться со всеми материалами, предлагаемыми к опубликовацию в изданиях Общества, в которых освещались вопросы, находящиеся в ведении Отделения физической географии. А они были весьма разнообразны (растительность, животный мир, орография, геология, климат, гидрография и др.). О всех поступивших материалах И. В. Мушкетов докладывал на заседаниях отделений. Работы по геологии и орографии он обычно оценивал сам, остальные передавались на рецензии другим членам Общества с учетом их специальностей. Небольшие статьи (до 1—2 печ. л.), а также сообщения, сделанные на заседаниях отделений, в случае их одобрения направлялись для опубликования в Известиях Географического общества; программы и инструкции, подготовленные комиссиями отделений, печатались обычно в виде приложений к Известиям. Большая часть материалов, публиковавшихся в «Известиях. . . .поступала из Отделений физической и математической географии.
Кроме того, в обязанности И. В. Мушкетова как председательствующего в Отделении физической географии входило заведование изданием «Записок Русского Географического общества по общей географии», а также их редактирование. Под его редакцией в рассматриваемый период вышли следующие тома этого издания: 1886 г. — т. XIII (Н. А. Северцов — «Орографический очерк Памирской горной системы») и т. XV (статьи И. Д. Черского — по Байкалу, Н. Н. Зубова — по Амударье, А. М. Никольского — о поездке в Восточную Персию и Закаспийскую область, и др.); в 1890 г. — т. XX (В. А. Обручев — «Закаспийская низменность»); в 1893 г. —т. XXVI (И. В. Мушкетов, Н. А. Орлов — «Каталог землетрясений Российской империи»); в 1895 г. — т. XXVIII (И. А. Лопатин — «Дневник Витимской экспедиции 1865 г. ...»).
