В 1896 г. было утверждено новое положение о Горном институте, в основном закрепившее те изменения в учебном плане, которые произошли в нем в 80—90-е годы (высвобождение 5-го курса преимущественно для практических занятий; упразднение чтения ботаники, зоологии; введение курсов электротехники, нефтяного дела и др.). Согласно новому Положению, упразднялось деление предметов на разряды — горный и заводской. Были несколько сужены и полномочия Совета, который лишился права избрания кандидатов на должности профессоров и адъюнктов. Теперь министр по собственному усмотрению замещал открывавшиеся вакансии профессоров и адъюнктов. Штаты Института были несколько расширены, введены должности ассистентов и др.
5 июня 1896 г. состоялось заседание Совета Горного института, на котором И. В. Мушкетов впервые присутствовал как его полноправный член. Директор института В. И. Мёллер доложил, что министр земледелия и государственных имуществ А. С. Ермолов утвердил его представления по штатам Горного института. Оставляют службу профессора Г. А. Тиме, П. В. Еремеев и Г. Д. Романовский как прослужившие более 40 лет; утверждаются ординарными профессорами А. П. Карпинский, Н. А. Иосса, И. И. Лагузен, В. Ф. Алексеев, Г. Г. Лебедев; экстраординарными профессорами — И. В. Мушкетов, А. П. Кондратьев, В. И. Лепин, Н. Ф. Шредер.
3-го августа 1896 г. подал рапорт об увольнении из Горного института А. П. Карпинский. 11 июля этого года исполнилось 30 лет его службы в Горном институте и он получил право на полную пенсию. 22 августа 1896 г. В. И. Мёллер пишет в Горный департамент: «За уходом действительного статского советника Карпинского из вверенного мне института в последнем освободилась кафедра ординарного профессора по геологии и учению рудных месторождений. . . Мне достоверно известно, что Г. Министр имел намерение заместить вышеупомянутую кафедру экстраординарным профессором действительным статским советником Мушкетовым».{1} «Назначение Мушкетова профессором геологии вполне одобряю», — подтвердил вскоре (28 августа 1896 г.) министр А. С. Ермолов запрос об этом Горного Департамента. И наконец высочайшим приказом по гражданскому ведомству № 53 от 18 сентября 1896 г. И. В. Мушкетов был назначен со 2 сентября 1896 г. ординарным профессором Горного института.
Еще в 1895 г. А. П. Карпинский предупредил В. И. Мёллера, что весной 1896 г. заканчивает преподавание в Институте и рекомендует на свое место И. В. Мушкетова. В. И. Мёллер, согласовав этот вопрос с министром А. С. Ермоловым, предложил тогда же И. В. Мушкетову подбирать кандидата на освобождающуюся должность адъюнкта. И. В. Мушкетов сразу же отправил об этом письмо В. А. Обручеву в Иркутск. Но от В. А. Обручева долго не было ответа. Письмо от него И. В. Мушкетов получил лишь в феврале 1896 г.
