В обвинительном заключении по делу ЦК ПСР военной работе эсеров в Москве был посвящен целый раздел. Отмечалось, что после заключения Брестского мира эсеры взяли курс на союз с Антантой и возобновление войны с германцами. Поскольку широкие массы привлечь этим было невозможно, эсеры активизировали подпольную работу. В рамках такой деятельности они начали сотрудничать и с белыми, которым «приносят в дар весь свой громадный опыт конспиративной подпольной работы, систему явок, паролей, конспиративных квартир, переправляют белогвардейцев через фронт, снабжают паспортами и т. д.»[169]. До весны 1918 г. военная работа в Москве велась слабо и хаотично. С января 1918 г. ее курировал доктор А.Ю. Фейт. Затем ЦК ПСР усилил это направление, прислав в Москву в апреле И.С. Дашевского, который вместе с В.М. Зензиновым и Б. Н. Моисеенко должен был провести чистку офицерских организаций. По данным обвинения, непосредственно этой работой занимался сам Дашевский. Им была установлена связь с организацией полковника А.А. Ткаченко и с генералом В.Г. Болдыревым, в дальнейшем — активным участником подпольного «Союза возрождения России» и крупным военным администратором, сыгравшим видную роль в антибольшевистском движении на Востоке России. Новым направлением стало внедрение своих людей в Красную армию. В обвинительном заключении отмечалось: «Здесь начинается знакомство с Махиным, впоследствии известным предателем Уфы. Через Махина, занимавшего ответственный военный пост, начинается насыщение армии “своими людьми”, и наконец, сам Махин получает директиву от Ц.К. п. с.-р., переданную Дашевским от члена Ц.К. Тимофеева, — принять назначение на Восточный фронт и действовать сообразно с обстоятельствами»[170]. К сожалению, ничего не сказано о том, кто именно был внедрен в РККА через Махина. В связи с чем этот вопрос, равно как и достоверность такого утверждения, остаются непроясненными. По показаниям Дашевского, через Махина «была организована “разведка”, заключавшаяся в получении “информации по военным делам”, и при помощи связи с двумя телеграфистами, военная комиссия имела в своем распоряжении военные телеграммы и сводки»[171]. Содействовал Дашевскому О.С. Минор, впоследствии сотрудничавший с Махиным уже в эмиграции. Затем Дашевский уехал в Саратов, через который началась переброска офицеров на Восток, а военная работа эсеров перенеслась на фронты.
Упоминался Махин и в приговоре Верховного революционного трибунала на процессе эсеров, вынесенном в августе 1922 г. Там, в частности, говорилось: «Создается военная организация Ц.К. П.С.-Р., которая имеет перед собой задачи, аналогичные задачам петроградской военной комиссии. В числе прочих преступных деяний этой организации особо преступное значение имеет собирание через своих агентов сведений о Красной армии, похищение документов из мобилизационного отдела Всероссийского [главного] штаба Красной армии, изучение с преступными намерениями этих документов членом Ц. К. Тимофеевым, совместно с членом П.С.-Р., [под]полковником Махиным, вливание в целях дезорганизации в Красную армию враждебных Советской армии лиц вообще и на командные должности в частности, где эти лица наносят чрезвычайный ущерб Красной армии своими дезорганизаторскими действиями, прямыми переходами на сторону врага (особенно отчетливо эта тактика выявляется в случае с упомянутым [под]полковником Махиным, который, по указанию Ц.К. П.С.-Р., как провокатор, принял на себя ответственную командную должность в Красной армии, а затем под Уфой предательски перешел с частью находившихся под его командой красноармейцев на сторону врага, перебрасывание офицеров в пункты, намеченные для вооруженного восстания, и т. п. В этой военно-технической работе П.С.-Р. обслуживает белогвардейские элементы, предоставляя в их распоряжение весь свой опыт нелегальной работы, приобретенный ею в тот период, когда она еще вела борьбу с царской властью»[172].