16 апреля 1945 года генерал Жимерский присутствовал при форсировании Нысы-Лужицкой частями 2-й армии. Наблюдал взятие Ротенбурга подразделениями 9-й пехотной дивизии. Вечером того же дня он издал приказ. В нем говорилось: «Сегодня вы точным ударом форсировали реку Ныса, а затем, преследуя врага дальше на запад, заняли город и сильно укрепленный оборонительный пункт противника – Ротенбург. Этим самым вы пересекли западную границу Польши. Вы – первые поляки, которые с оружием в руках ступили на немецкую землю. Этот день – момент пересечения польским солдатом Нысы – на вечные времена останется в народной памяти… Сегодня, в такой торжественный для вас день, в день вашей крови и славы, в минуту вашего боевого крещения, я был с вами. Близко наблюдал за прохождением боевой операции и видел многочисленные примеры ваших страданий, геройства и жертвенности. Ваше мужество – мужество возрожденного Войска Польского – наполнило меня чувством радости и гордости».
На следующий день генерал Жимерский прибыл в штаб 1-й армии в Ной-Лецгерике, где детально ознакомился с положением на фронте и ходом операции. Генерал М. Жимерский лично наблюдал за форсированием Старого Одера воинами 2-й пехотной дивизии. Ознакомившись с обстановкой в полосе боевых действий армии, так же, как и на Нысе, главнокомандующий издал специальный приказ, отмечающий многие части 1-й армии, которые отличились при форсировании Одера и в первых боях на немецкой территории.
18 апреля 1945 года генерал Жимерский был отозван с фронта для участия в работе правительственной делегации, которая 19 апреля 1945 года вылетела в Москву и заключила договор о дружбе и взаимопомощи между ПНР и СССР, имевший для Польши огромное значение. Вернувшись в Варшаву, Михал Жимерский решил снова выехать на фронт в войска 1-й армии и лично участвовать в заключительной фазе Берлинской операции Красной Армии.
29 апреля 1945 года генерал Жимерский направился в Пессин, а оттуда вместе с генералом Поплавским в район действий 4-й пехотной дивизии, где наблюдал за форсированием водной преграды. После форсирования Одера части 1-й армии в соответствии с решением маршала Жукова, командующего 1-м Белорусским фронтом, перешли в наступление севернее Берлина.
Оценив обстановку на фронте, генерал Жимерский пришел к нерадостному для себя выводу о том, что 1-я армия не сможет принимать непосредственного участия в штурме Берлина. Впоследствии он так описал свое состояние: «Я со всей ответственностью понимал, что, как главнокомандующий, обязан предпринять необходимые шаги для того, чтобы, воспользовавшись неповторимым историческим шансом, обеспечить участие польского солдата в непосредственном штурме Берлина». С этой целью генерал Жимерский позвонил по телефону маршалу Жукову и попросил разрешить хотя бы одной дивизии 1-й армии участвовать во взятии Берлина. Он мотивировал свою просьбу многовековой борьбой поляков с германским милитаризмом, огромными потерями, которые понес польский народ в последней войне, и подчеркнул, что участие подразделений народного Войска Польского в штурме Берлина будет для поляков великой честью. В ночь с 29 на 30 апреля 1945 года маршал Жуков сообщил Жимерскому, что Верховный Главнокомандующий положительно отнесся к его просьбе.
1-я пехотная дивизия имени Тадеуша Костюшко была распределена между советскими танковыми и механизированными соединениями и двинулась на штурм центра города. В ходе двухдневных ожесточенных боев полки этой дивизии дошли до Бранденбургских ворот, где состоялась встреча польских и советских воинов. Кроме того, в непосредственном штурме Берлина участвовали 2-й гаубичный артиллерийский полк, 6-й отдельный понтонно-мостовой батальон и 1-я отдельная мостовая бригада Войска Польского. Всего на улицах Берлина сражалось 12 тысяч польских солдат. С ними находился и их главнокомандующий генерал Михал Жимерский.
Из столицы Третьего рейха Жимерский направился в штаб 1-й армии, располагавшийся во Фризах, а на следующий день, 4 мая 1945 года, – в Ринов, где вместе с генералом Поплавским наблюдал форсирование Хавель – последней водной преграды перед Эльбой. В конце дня главнокомандующий получил донесение от командира 14-го пехотного полка о том, что его подразделения достигли Эльбы и установили связь с американскими войсками. Он приказал командиру 6-й пехотной дивизии объявить командованию и всему личному составу 14-го полка от его имени благодарность за образцовое выполнение боевой задачи, а наиболее отличившихся воинов представить к боевым наградам и повышению в звании. В тот же самый день генерал Жимерский лично наградил орденами командиров батальонов и рот, которые первыми достигли Эльбы.