Немецкому коменданту напрямую подчинялись органы власти на местах — районные и городские управы, возглавляемые бургомистрами, которые, как правило, выбирались из местных жителей. Немецкие оккупационные власти отводили органам местного управления исключительно вспомогательную роль. В их обязанности входило; выполнение приказов и распоряжений немецких властей, поддержание порядка, организация полиции, сбор оружия, арест лиц, подозреваемых в связях с партизанами, регистрация населения, восстановление работы учреждений и предприятий, ремонт ветхого жилья, поврежденных сельскохозяйственных орудий и машин. Бургомистры были обязаны следить за затемнением окон и дверей. В то же время им запрещалось проведение любых самостоятельных мероприятий по преобразованию существующего порядка, управления и по переделу земли, скота и запасов. Районные бургомистры также были обязаны следить за выполнением старостами деревень сельскохозяйственных поставок, проведением необходимых агротехнических мероприятий, благонадежностью крестьян. Бургомистр имел право накладывать штрафы (до 5 тысяч рублей), но при этом не мог наказывать германских подданных, которые подлежали дисциплинарному взысканию только со стороны немецкой комендатуры. Управы состояли из отделов: административного, финансового, промышленного, торгового, транспортного, земельного, жилищного, дорожного, строительного, коммунального и т. д. Различия в структуре и количестве отделов зависели от численности населения, специфики хозяйственного района или города. В крупных городах, делившихся на районы, также вводились должности районных старост. Городские бургомистры назначали в каждом квартале специальных уполномоченных — квартальных, а в каждом доме — ответственных (комендантов), в чьи обязанности входило соблюдение порядка и правил общежития, санитарных и противопожарных инструкций. Их деятельность контролировал начальник полиции.
На низших ступенях власти находились старосты населенных пунктов и колхозов, которых впоследствии стали заменять на станичных и хуторских атаманов. Весьма красноречивый пример подобной смены власти приводит в своих воспоминаниях казак, скрывающийся под псевдонимом И. В.:
Военно-экономический аппарат на оккупированных территориях находился под командованием вермахта. В тыловых прифронтовых районах структура военно-экономического аппарата включала в себя хозяйственные инспекции, закрепленные при командующих тылом армейских групп, хозяйственные команды при охранных дивизиях, хозяйственные группы при полевых комендатурах. В состав хозяйственной команды входили начальник — офицер и специалисты самых разных экономических отраслей. В ее подчинении находились подразделения по охране орудий производства и сырья, инженеры для руководства сельскохозяйственными предприятиями и МТС. Хозяйственная группа состояла из начальника — офицера, подчиненного военному коменданту, и консультантов по вопросам промышленности, сельского хозяйства и экономики в целом. В армейском тылу и в районе боевых действий решение экономических вопросов возлагалось непосредственно на военное руководство — 4-й экономический отдел штаба армии (административно- хозяйственный отдел управления военного хозяйства и вооружения). Ему подчинялись технические батальоны, части экономической разведки и хозяйственные группы при полевых комендатурах.