Третий и самый честолюбивый компонент в контрнаступлении войск Западного направления Тимошенко был уже окружаемый Брянский фронт Еременко. Согласно стратегической концепции Ставки этому фронту после проведения фундаментальных изменений его организационной структуры отводилась роль сил, которые должны атаковать танковую группу Гудериана в ходе ее продвижения на юг, разгромить танковые силы врага и восстановить протяженный и целостный фронт обороны от Днепра к югу от Гомеля, затем в восточном направлении к Новгороду-Северскому на Десне и к северу вдоль Десны до района южнее Ельни. Еременко должен был атаковать левый фланг продвигающейся на юг 2-й танковой группы Гудериана на широком фронте от Новгорода-Северского и на север вдоль Десны до Жуковки в 50 км к северо-западу от Брянска. Недавно сформированной 40-й армии, хоть и не подчинявшейся непосредственно Еременко, была поставлена задача нанести удар по острию наступающего клина сил Гудериана до выхода его к Десне.
Однако, прежде чем рассчитывать на успешное проведение столь сложной и ко многому обязывавшей операции, Еременко предстояло провести существенные изменения системы управления войсками с тем, чтобы они действовали максимально эффективно. И в 2:00 25 августа Сталин и Ставка ужесточили командование его силами, действующими на жизненно важном участке вдоль Десны из Чернигова в 125 км к северо-востоку от Киева и юго-западнее Брянска. Директива упраздняла Центральный фронт и 3-ю армию, входившую в состав Брянского фронта Еременко, и учреждала новую 3-ю армию:
«1. В целях объединения управления войсками, действующими на Брянском направлении, с войсками на Гомельском направлении с 00 час 26.08.1941 г. Центральный фронт упразднить, передав его войска в состав Брянского фронта. С 00 час 26.08.1941 г. Брянский фронт иметь в составе 50, 3, 13 и 21-й армий.
2. Войска, действующие на Гомельском и Мозырском направлениях, объединить, передав все войска 3-й армии в состав 21-й армии. Командующему Брянским фронтом управление 3-й армии использовать на Мглинском направлении, передав ей часть дивизий из состава 50-й и 13-й армий по своему усмотрению.
3. Командующий Центральным фронтом генерал-лейтенант Ефремов М.Г. назначается заместителем командующего Брянским фронтом.
4. Командующий 3-й армией генерал-лейтенант Кузнецов В.И. назначается командующим 21-й армией.
Врио командующего 21-й армией генерал-майору Гордову В.Н. обратиться к исполнению своих прямых обязанностей по должности начальника штаба 21-й армии.
5. Командующим 3-й армией назначается командир 1-й мотодивизии генерал-майор Крейзер Я.Г.
6. Командующий 13-й армией генерал-майор Голубев К.Д. освобождается от занимаемой должности и поступает в распоряжение НКО.
Командующим 13-й армией назначается командир 129-й [стрелковой] дивизии генерал-майор Городнянский А.М.
7. Командующему Брянским фронтом разрешается часть командного состава и средств управления Центрального фронта использовать для доукомплектования штаба Брянского фронта; свободную часть передать в распоряжение НКО.
8. Начальник штаба Центрального фронта генерал-лейтенант Соколов освобождается от занимаемой должности и поступает в распоряжение Верховного Главнокомандования.
9. Разграничительная линия между Брянским и Юго-Западным фронтами остается та же, что и между Центральным и Юго-Западным фронтами.
10. Получение директивы подтвердить и об исполнении донести.
В результате этой директивы Брянский фронт Еременко расширился и состоял теперь из 21, 13, 3 и 50-й армий, развернутых начиная от района Чернигова в низовьях Десны, затем на восток к Новгороду-Северскому в среднем течении реки и на север вдоль верховьев Десны до Брянска. Пополнились и командные кадры фронта – Еременко добавили двух испытанных бойцов – генералов Крейзера и Городнянского. Однако это все равно не решало насущной проблемы Еременко, то есть того, что три мобильные дивизии XXIV моторизованного корпуса Гейра фон Швеппенбурга уже прочно внедрились между 21-й и 13-й армиями Брянского фронта. И задачей Еременко было устранить эту проблему. И вскоре после получения директивы Ставки добавилась еще одна головная боль – возобновление наступления Гудериана, сводившее на нет многие из прежних условий. Поскольку Гудериан вынудил Ставку и самого Еременко срочно вносить изменения в планы контрнаступления Брянского фронта, и так подвергавшиеся постоянным перекройкам в зависимости от стремительно менявшейся обстановки, когда наступательная операция, наконец, все же началась, проводилась она фрагментарно, что в конечном итоге обернулось поражением армий Еременко.
