Наиболее ценные специалисты военных отраслей тайно покидали страну либо были переведены на работу в гражданские учреждения и институты. Многие, сменив имена, осели в западных областях самой Германии. Большинство же агенты СС переправляли в нейтральные страны: по суше — через горные перевалы в Швейцарию, Италию и Испанию; морем — в страны Скандинавии и Средиземноморского побережья. Дальше на иностранных кораблях беглецов отправляли в дальние плавания к берегам Южной Америки, иногда — в страны Ближнего Востока или Южной Африки.
Финансовые средства переводились на счета подставных фирм, разбросанных по всему миру от Швейцарии до Ближнего Востока и Латинской Америки. По данным американской разведки, таких фирм было не менее 750.
К концу войны Германия еще обладала мощным подводным флотом, состоявшим приблизительно из двухсот субмарин, в числе которых было около тридцати подводных лодок нового типа. Последние могли пройти без дозаправки около 30 тыс. морских миль и принять на борт свыше 250 тонн груза. С конца 1943 года эти субмарины совершали частые походы в Японию и Южную Америку. Согласно показаниям О. Вермута, командира подводной лодки U-530, c 1943 года в Аргентину регулярно ходили субмарины с бортовыми номерами U-34, U-239, U-530, U-547 и др. В последние месяцы войны в доках Швеции была спущена на воду субмарина под номером I-313. Она отошла от берегов разгромленного Третьего рейха 9 мая 1945 года. Через полтора месяца она вошла в реку Рио-Негро, где незадолго до окончания войны немецкая колония закупила около ста гектаров земли вдоль побережья.
Предположительно, на этой лодке в Аргентину прибыли высокие чины нацистской Германии, ибо их встречали руководители ОДЕССА — генерал фон Аллен и штурмбаннфюрер СС Швенд. Последний стал казначеем этой нацистской подпольной организации в Южной Америке.
На помощь приходили и союзники Германии: японский адмирал Исо Коима возглавил рейд японских подводных лодок, вывезших из Германии ценных специалистов, а также груз золота на миллиард американских долларов.
Не осталась безучастной и католическая церковь, в которой неприязнь к советской идеологии явно превосходила осуждение нацистской Германии. Одной из центральных фигур профашистского течения в католической церкви стал епископ А. Гудал. В конце войны он возглавлял институт «Души святой Марии», структуры которого использовались для укрывательства нацистов. По некоторым данным, А. Гудал обеспечил фальшивыми иностранными паспортами и удостоверениями сотни нацистов. Занимался укрывательством нацистов и ряд других католических священников. Они прятали беглецов в монастырях и переправляли их за границу по заранее подготовленным маршрутам.
Реализации плана способствовало и то, что к началу 1945 года Борман пользовался практически неограниченным влиянием на Гитлера, испытывавшего как физическое, так и моральное опустошение.
Капитан Г. Болдт, появившийся в ставке фюрера в феврале 1945 года, так описывал Бормана, порой уже не скрывавшего своей власти над Гитлером: «мужчина приблизительно лет сорока пяти, чуть ниже среднего роста, коренастый, с бычьей шеей, почти тяжеловес; круглое лицо с сильными скулами и прямым носом полно энергии и твердости; в темных глазах — коварство и беспощадность».
На последнем этапе войны Борман активно занимался мероприятиями по организации обороны Германии. Так, 10 марта 1945 года Борман предписал подчиненным ему гауляйтерам приступить к осуществлению плана «Вервольф» — организации специальных операций в тылу врага. План предусматривал формирование отрядов добровольцев. Они должны были взрывать вражеские склады, пускать под откос поезда, разрушать линии связи и электропередач, готовить тайные взлетно-посадочные полосы для немецкой авиации во вражеском тылу. Однако в целом эта операция так и не была развернута.
Борман оставался с Гитлером до последнего дня. Неизвестно, что им двигало в большей степени — безусловная верность нацизму и лично Гитлеру или желание присутствовать при устранении своих заклятых соперников — Геринга и Гиммлера, с тем чтобы иметь возможность и в будущем нажимать на тайные пружины за спиной любого, кто придет к власти.
27 апреля 1945 года М. Борман оставил следующую запись в своем дневнике:
